Habsburg Rudolf halogatta a zsitvatoroki béke ratifikálását, 1607-ben új feltételeket szabott I. Ahmed szultánnak. Megtagadta a bécsi béke betartását is, ami a hajdúk körében váltott ki ellenérzést. Mátyás főherceg tájékoztatta fivérét a romló közjogi és gazdasági-társadalmi helyzetről, és figyelmeztette a belső és külső veszélyekre is, Rudolf azonban hajthatatlan maradt. Mátyás a hajdúkkal és a királysággal konföderációba lépett alsó- és felsőausztriai, illetve morva segédcsapatokkal Prágába indult, hogy lemondassa Rudolfot a trónról. Rudolf átadta kormányzást és végre aláírta a zsitvatoroki békeokmányt is. (1608)
A törökök kihasználták a Habsburg válságot: az eredetitől eltérően a békeokmányban Erdély már a Porta felügyelete alá került.
Az 1608. szeptember 9-i pozsonyi országgyűlés királlyá választotta II. Mátyást (1608-1619), és több mint fél évszázad után nádort is választottak Illésházy István személyében.
Az országgyűlés kétkamarás testületté nyilvánították. Meghatározták a nádor hatáskörét. Létrehozták a kincstartói hivatalt, de megmaradtak a kamarák. A házadó helyett újra a portális adót vezették be. A császári sereg kivonásáról is törvényt hoztak. A főtisztségekbe magyarországiak kerültek.
Az osztrák rendek vallási vitája rendezésében pártosodás volt megfigyelhető. Maga a király és a püspöki kar tiltakoztak a vallásszabadság ellen, Pázmány Péter azonban rávette őket arra, hogy mivel a királyi Magyarországon már elfogadták a vallásszabadságot, az osztrák rendek is kapják meg azt. Figyelmeztetett az Oszmán Birodalom szomszédságára is, ahol eltűrtek mindenféle vallást.
Magyarországon Pázmánynak volt köszönhető, hogy több főúri család visszatért a katolikushoz (Batthyány, Zrínyi, Thurzó, Pálffy). Pázmányt 1616-ban érsekké nevezték ki. Esztergomi érsekként és nemzetközi tekintéllyel bírt.
Szerepe volt abba, hogy a Birodalom háborús pártja nem indított újabb reménytelen támadást a török ellen és nem rúgta fel a zsitvatoroki békét. (linzi tanácskozás, 1614). Alapelve: a béke megtartása volt. Sikerült a kedélyeket is lehűtenie, amikor 1608-ban a királyi biztosok az örökletes dinasztia tervével álltak elő. Pázmány meggyőzte Mátyást, hogy az ország érdekeinek ez semmit sem használna, így a terv lekerült a napirendről. Pázmány 1618-ban megkoronázta II. Fedinándot, aki Mátyás halála (1619) után vette át a trónt.
Közben 1618-ban kirobbant a 30 éves háború. A konföderációs megállapodásra hivatkozva a csehek támogatást kérnek a magyar rendektől, akik leszavazzák II. Ferdinánd indítványát a támadásáról. Ennek ellenére az országgyűlés megosztottá vált.
Közben Erdély fejedelme, Bethlen Gábor is belépett a háborúba. Elfoglalta a királyi országrész nagy részét és Bécs felé vonult (1619). A Pozsonyba összehívott (1613) országgyűlés fejedelemmé (egész ország) választotta. Az 1620. májusi besztercebányai országgyűlésen külföldi követségek is részt vettek. A gyűlés törvényt hozott a nemesség adóztatásáról, a jezsuiták tulajdonvásárlási tilalmáról, a végvárak fenntartásáról.
Bethlen a szomszédos országokkal való konföderációt sürgette. Már 1620. januárjában konföderációt kötött a csehekkel, s ezt akarta kibővíteni a többi tartománnyal. A tervek kivitelezése azonban nehézségekbe ütközött: a csehek rokonszenven kívül anyagi segítséget nemigen várhattak Európától, a cseh és magyar katonaság viszont önmagában kevés volt a Habsburgok ellen.
Magyarország királyává választották Bethlent 1620. augusztus 15-én, aki azonban nem használta ezt a címet. A Habsburgok leverték az ausztriai protestánsokat és a Prága melletti, Fehérhegyi csatában a csehekre is megsemmisítő vereséget mértek (1620. november 8.).
1621-ben (december 31.) született meg a nikolsburgi béke, amelyben Bethlent lemondatják a királyi címről, de Ferdinánd elismeri erdélyi fejedelemségét, megkapja Oppeln és Ratiborn hercegségeket, 7 magyarországi vármegyét (Ugocsa, Bereg, Zemplén, Borsod, Abaúj, Szabolcs, Szatmár), de ezek követei változatlanul részt vesznek a királyság országgyűlésein.
A cseheknél a megtorlás iszonyú volt. Eltörölték az alkotmányt, kivégezték a nemesség 24 tagját, birtokaikat elkobozták. Magyarország nemesei amnesztiát kaptak: a birodalomnak nem volt érdeke a hosszúra nyúló háborút keleten is kiterjeszteni.
1625-ben az országgyűlés Eszterházy Miklóst választotta nádorrá. Az új nádor pontokba szedve sorolta fel az uralkodónak az ország helyzetét, utalt a törökök örökös békekötési szándékára, amit a magyarok rendre elutasítanak, s arra is, hogy milyen eredményeket köszönhet a dinasztia a magyaroknak. A rend helyreállítása azonban a 30 éves háború elhúzódása miatt elodázódott.
Eszterházy nádor tehetséges fiatalokat gyűjtött maga köré, nemzetközi kapcsolatokat épített ki. Magyarország érdekeit szem előtt tartva helyet követelt magának a titkos tanácsban, és igyekezett elérni, hogy a magyar pénzügyek közvetlenül a nádori hivatal alá kerüljenek.
A végvárak helyzetén is javítani igyekezett. Tervei közt szerepelt önálló magyar hadsereg létrehozása, a bányák kincstári kezelésbe vétele, az adórendszer reformja (nemesek adóztatása). Terveit azonban egyrészt a Habsburgok ellenállása, másrészt a gazdaság rossz helyzete gátolták meg. A 30 éves háborúban Eszterházy a harcok folytatása mellett foglalt állást, Pázmány viszont igyekezett a császári fegyvereket a törökök ellen felhasználni. Pázmány közvetíti II. Ferdinánd és Bethlen közti pozsonyi békét (1626. december 20.) és a tokaji egyezményt (1627).
A Titkos Tanács is új megállapodást kíván a zsitvatoroki béke helyett a törökkel, azonban Szőnynél mégis a régi békét újítják fel (1627) ratifikálása 1629-ben történik meg.
Bethlen halála (1629) után felesége Brandenburgi Katalin és a kormányzó Bethlen István visszaadták a 7 vármegyét, a hajdúk viszont fegyverrel ragaszkodtak az Erdélyhez való tartozáshoz. A felkelést 1630-ban igyekszik leverni Eszterházy nádor, de vereséget szenved. Erdélyben I. Rákóczi György kerül a hajdúk segítségével a trónra. Egyúttal Felső-Magyarországi birtokos is. Esterházy az erdélyi térnyeréstől tartva sereget küld ellene, de Rakamaznál vereséget szenved (1631. március 15).
Pázmány érsek viszont a fejedelem hatalmának elismerésén fáradozott. Ő érte el az 1631-es kassai egyezményt is. (Ferdinánd elismerte I. Rákóczi Györgyöt).
A hosszúra nyúló háború magyar vonatkozásait az 1645-ös linzi béke zárta le: a királyságban szabad vallásgyakorlatot kapnak a protestánsok, a 7 vármegye újra Erdélyhez kerül (R. uralkodásáig), a fejedelem felbontja svéd és francia szövetségét és nem avatkozik királysági ügyekbe. A vesztfáliai béke tető alá hozása egyúttal azt is jelentette, hogy a törökök valószínűleg újra meggyengítsék. A törökök ellen nemzetközi összefogásra volt szükség.
1649-ben Magyarország nádora gróf Pálffy Pál lett. Pálffy közvetítő, egyensúlypolitikát kívánt folytatni Magyarország és a Birodalom között. Udvarában a magyar főurak: Batthyány Ádám, Zrínyi Miklós, Forgách Ádám forogtak, politikájukat immár a közjó és a haza érdekei határozták meg.
Pálffy érte el, hogy az országgyűlésen a nemesek felvállalják az adók felét, és hogy újra Magyarországhoz csatoljanak néhány települést.