A 15 éves háború (1593-1606/08) közben az országban belső ellentétek is feszültek.
Erdélyben Báthory Zsigmond folytatott kiszámíthatatlan politikát, többször is lemondott, majd visszatért a trónra. Megkísérelte átadni Erdélyt Habsburg Rudolfnak, de mivel elégedetlen volt a kárpótlásul kapott Oppeln és Ratiborn hercegségekkel, visszatért Erdélybe, majd megint lemondott. Unokatestvére, Báthory András újra a törökbarát politikát helyezte előtérbe. A törökös Erdély ellen Vitéz Mihály havasalföldi vajda indított hadjáratot. 1599. október 28-án Sellenberk mellett Mihály vajda és a hozzá csatlakozó székelyek legyőzték B. András seregét, a fejedelmet pedig megölték.
Vitéz Mihály kikiáltotta magát erdélyi fejedelemnek, de mivel kijelentette, hogy nem adja át Erdélyt a Habsburgoknak, büntetőhadjárat indult ellene. 1600. szeptemberben Basta vezetésével a Habsburgok Miriszlónál legyőzték Vitéz Mihály seregét.
Az erdélyiek visszahívták Zsigmondot, Basta pedig immár ellene fordult, csatlakozott hozzá a legyőzött Mihály is. 1601. augusztusban Goroszlónál győzött a Habsburg sereg. A fejedelmi címet Székely Mózes vette fel, de őt néhány hónap uralkodása után Radul havasalföldi vajda megölette 1603-ban Brassónál. 1602. Báthory Zsigmond utolsó kísérlete Tövisnél vereség.
A királyságban a háborús kiadásokra hivatkozva felemelték az adókat, új adónemeket (pl. házadó) vezettek be, a kiadások egy részét maga a nemesség finanszírozta. Az elégedetlenség nőtt eredményeket, pedig alig sikerült felmutatni. Rudolf felülvizsgáltatta a városok költségvetését, ami felháborodást váltott ki, az udvar, pedig eretnekségnek nyilvánította a dolgot, és újra elkezdődtek a protestánsüldözések. Széleskörű felháborodást váltott ki, hogy 1604-ben Belgiojoso főkapitány elfoglalta a lutheránusoktól a kassai főtemplomot. Az országgyűlés törvényt hozott a szabad vallásgyakorlatról, Rudolf pedig titokban leszövegezte a törvénybe azt is, hogy vallási kérdést ezentúl az országgyűlés nem tárgyalhat. A cikkely felkavarta az amúgy is nyugtalan kedélyeket. A vármegyék fegyveres ellenállásra készültek. Mid az erdélyi rendek, mind a királyi Magyarország elégedetlen nemesei a századforduló óta száműzetésbe kényszeríttet Bocskai István személyében találták meg emberüket.
Bocskai is sérelmezte a törvényt és a koholt felségsértési pereket (birtokelkobzások). Kapcsolatba lépett a Bethlen Gábor által vezetett erdélyi és részekbeli menekültekkel. A Habsburg csapatokat vezető Barbiano megtámadta Bocskai bihari várait. Bocskai az ellentámadást választotta. A császári zsoldban álló hajdúk a protestánsüldözések sérelmei miatt átálltak Bocskai oldalára, aki így 1604. október 15-én Álmosdon győzelmet aratott Barbiano felett. Kassa elzárkózott Barbiano elől, megnyitotta viszont kapuit Bocskainak, aki itt rendezte be főhadiszállását.
November 11-én athnamé érkezett a szultántól, aki – törökellenes harcai ellenére – Erdély fejedelmének ismerte el Bocskait.
Sem Basta, sem Belgiojoso nem tudta kiostromolni Kassáról Bocskait, aki mögött lassan felsorakoztak a protestánsüldözések és a birtokelkobzások sértettjei is. (Illésházy István, Homonnai Drugeth Bálint, Rákóczi Zsigmond, Bethlen Gábor, Báthory Gábor) Csatlakoztak a bányavárosok és az alföldi mezővárosok is. Bocskai 1605-re a Királyság jelentős területét mondhatta magáénak. Az erdélyi székely és magyar előkelők, majd a fegyveres ellenállás leverése után a szászok is fejedelmüknek ismerték el. Bocskai, mivel a Királyságban hadakozott gubernátort állított Erdély élére Rákóczi Zsigmond személyében.
1605. április 20-án a szerencsi országgyűlés egész Magyarország fejedelmévé választotta Bocskait. A Habsburg-ellenes hangulat tetőfokára hágott. Bocskai lehetőséget látott a két országrész egyesítésére, ezért a Porta segítségét és támogatását kérte. A Bocskait támogató magyarországi főurak azonban értetlenül álltak ez előtt a politika előtt, és eszük ágában sem volt adófizetőjévé válni a szultánnak. Bocskai is kénytelen volt belátni, hogy a török segítség csak növelné a feszültséget és a Hódoltságot így 1605. november 11-én Rákos mezején már az óvatosság vezérelte: a királyi címről szóló athnamét nem fogadta el, és a koronát is csak ajándékként, s nem hatalmi jelvényként vette át Lala Mohamed követtől.
1605. végére Bocskai már a békére hajlott, nem akarta a 15 éves háborúban amúgy is elgyötört országot még jobban próbára tenni. 1605. december 5-én a korponai országgyűlésen rendezi a hajdúk helyzetét: mintegy 10.000 hajdút emelt nemességre és 7 kiváltságolt helyre telepítette őket, akik immár érdekeltté váltak a béke megkötésében.
A korponai országgyűlés döntést hozott a békefeltételekről is (vallásszabadság, Magyarország kormányzati önállósága, Erdély önállósága), amelyekről Habsburg részről Miksa főherceg, a felkelők részéről Illésházy István egyezett meg 1606. júliusában Bécsben.
A törökök és a Királyság Bocskai közvetítésével jutottak megegyezésre: 1606. őszén kötötték a 20 évre szóló zsitvatoroki békét, amelyben a Porta lemond a királyi Magyarország adójáról.
Bocskai halála (1606. december) után az öröklés kérdése került napirendre. Szóba jöhetett a Bocskai által megjelölt Drugeth Bálint, a dinasztikus előzményekre támaszkodó Báthory Gábor és a gubernátori címet betöltő Rákóczi Zsigmond is. Amíg a trónkövetelők a temetésnek tulajdonított öröklést törvényesítő funkciókat tulajdonítva távol voltak Erdélytől, eközben Rákóczi Zsigmond magához ragadta a kezdeményezést: az erdélyi országgyűlés 1607. februárjában fejedelemmé választotta.
Hatalmának megszilárdítása érdekében törvényeket hozott a székelyeket lófőség adományozásával maga mögé zárkóztatta, kitiltatta Erdélyből a jezsuitákat, feloldotta a jus ligatumot, vagyis alapot adott az 1594-ben kivégzett urak elkobzott földjeinek visszakövetelésére.
A Porta elfogadta Rákóczi Zsigmond fejedelemségét, a bécsi és prágai udvar azonban nem, mivel ők alkalmasabbnak találták a posztra Báthory Gábort, aki katolizálásra és az ellenreformáció erdélyi terjesztésére tett fogadalmat. Zsoldjába fogadta a Bocskai halála után kiváltságaiktól megfosztott hajdúkat (Nagy András vezetésével) és 1608-ban a segítségükkel lemondásra kényszeríttette Rákóczi Zsigmondot. 1608. március 30-án az erdélyi országgyűlés Báthoryt emelte trónra. Rákóczi kárpótlást kapott. Báthory fejedelemségét a Habsburgok is elismerték. A fejedelem békét kötött II. Mátyással 1608. augusztus 20-án, Kassán, amelyben lemondott a Bocskainak juttatott királysági területekről. A fejedelem a szultántól is megkapta az elismerő okiratot. A hajdúknak visszaadta kiváltságait, amelyek megtartására ezúttal a budai pasa és II. Mátyás is ígéretet tett. Báthory kb. 30.000 hajdút telepített le. Báthory további politikája – felélte a nemesek vagyonát, az új nemeseket támogatta, stb. – elégedetlenséget szült. Kendi István és Kornis Boldizsár összeesküvése azonban meghiúsult. Kendi elmenekült, Kornist lefejezték.
Báthory ekkor a királyi Magyarország felé fordult. Célja a lengyel és a magyar trón összekapcsolása lett volna. Nemsokára letett szándékáról és délnek fordult, elfoglalta a szász központot, Szebent (1610. december), majd megtámadta Radul havasalföldi vajdát. A vajda elmenekült ugyan, de kapcsolatba lépett a brassói szászokkal, és Kendi Istvánnal Lengyelországban. Az együttes támadásban Báthory Gábor maradt alul, akit eddigre már a hajdúk is elhagytak. A kettős támadás (Forgách Zsigmond alsó-magyarországi kapitány is Erdélyre támadt) azonban a boszniai pasa seregének megjelenésével összeomlott.
Báthory fejedelmi trónja megingott, a Porta új uralkodót keresett. Báthorynak még sikerült félreállítania a jelöltet, Ghiczy Andrást, 1613-ban szövetséget kötött a Habsburgokkal, hogy fejedelemsége elismeréséért cserébe beengedi a királyi csapatokat Erdélybe. A várható támadás leküzdésére a korábbi főtanácsos, Bethlen Gábor vállalkozott. A Porta segítségével bevonult Kolozsvárra, ahol fejedelemmé választották (1613. október 23.), a kószáló Báthoryt pedig Ghiczy András emberei gyilkolták meg.