A XVI. század végén megszakadt az 1568 óta tartó béke. A tizenötéves háború (1593-1606) kezdete felcsillantotta a reményt a török kiűzésére. Erdély bevonásával a török ellenes szövetség tovább erősödött. Az erőviszonyok azonban kiegyenlítődtek. 1596-ban elesett Eger és a törökök Mezőkeresztesnél nagy csatát nyertek. A tizenötéves háború kezdetén még háttérbe szorultak az ellentétek a magyar rendek és a Habsburg-hatalom között. A háború kilátástalan elhúzódása és a Habsburg-abszolutizmus erősödő nyomása azonban kiváltotta a rendek elégedetlenségét. Sérelmesek voltak a birtokos osztály számára azok az intézkedések, amelyekkel az udvar a háborús kiadások miatt nehéz helyzetbe került kincstáron próbált segíteni. Erőszakosan, az örökösök rovására avatkozott bele a birtokperekbe az udvar. Az udvar abszolutista törekvéseivel karöltve támadásba indult az erőszakos ellenreformáció is. II. Rudolf császár azon a címen foganatosított protestáns ellenes rendszabályokat, hogy a király a város földesura. A rendek országgyűlési tiltakozására az uralkodó azzal válaszolt, hogy megerősítette Szent Istvántól kezdve a magyar királyok végzéseit a katolikus vallás védelmében, s megtiltotta, hogy a vallásügyet bárki is előhozza az országgyűléseken. A protestánsok üldözése a túlnyomó többségben protestáns magyar társadalom egészét érintette. 1604-ben Bocskai István, az egyik legtekintélyesebb főúr, korábban a Habsburgok híve, a fegyveres ellentámadást választotta a császár intézkedéseit végrehajtó kassai főkapitánnyal, Belgiojosóval szemben. Zsoldjába fogadta a hajdúkat. Bocskai első katonai sikere, az álmosdi győzelem után egyre szélesebb rendi támogatást kapott. Az erdélyi rendek fejedelemmé választották, majd a szerencsi országgyűlésen a rendek Magyarország fejedelmévé tették. Bocskai fejedelemmé választása után, sikereinek csúcsán is józanul ítélte meg lehetőségeit. Bár csapatai Felső-Magyarország nagy részét elfoglalták, tudta, hogy nincs olyan gyalogsága és tűzérsége, amellyel egy ellene összevont császári hadsereget legyőzhetne. Veszedelmes kérdőjel volt a törökök magatartása is. Bocskai nem akart a védelmük alatt álló király lenni. Megegyezést kereső szándékai találkoztak a császári udvar békére való hajlandóságával. Az 1606-os bécsi béke biztosította a protestáns nemesek, a szabad városok és a végváriak vallásszabadságát, és a magyarországi rendek jogait. Bocskai Erdély fejedelmeként írta alá a békét, és ez a Habsburgok részéről az erdélyi függetlenség elismerését jelentette. Bocskai közreműködésével végre pontot tett a tizenötéves háború végére a szultán és a császár. A zsitvatoroki béke a fennálló helyzetet rögzítette.