Előzmények:
A török 1552. évi hadjárata után Nádasdy Tamás nádor a törökök elleni védekezés fontos pontjaként a Királyság és a Hódoltság határain kiépítendő végvári vonalat jelölte meg. A mindennapos készültséget is ki kellett alakítani. A végvárrendszer kiépítése illetve megerősítése 1556 után kezdődött meg. Ez még jobban fokozódott a drinápolyi béke (1568) után. A Habsburg kormányzat igyekezett jól védhető, átjárhatatlan határokat kialakítani. A végvárrendszer igyekezett a természet adta lehetőségeket (hegyvidék, vizek) is kihasználni a védelemben. a várak korszerűsítését, átépítését a haditechnikában jártas olasz építészekre (da Milánó, da Vedano, Mirandola stb.) bízták. Ekkor épültek az új olasz és füles bástyák.
A költségeket a Királyságon túl az osztrák örökös tartományok, és más osztrák területek, Ferdinánd császárrá koronázása után a német fejedelemségek adójából és Pápai segítségből fedezték.
A várak katonáinak zsoldja akadozva érkezett, így azok kénytelenek voltak zsákmányolásból, illetve önellátásra berendezkedéssel fenntartani magukat.
1576-ban a császár, Miksa meghosszabbította a drinápolyi békét, illetve Murad szultánnal. De 1577-ben már összehívta Haditanácsot. A volt Észak-Magyarországi főkapitány (1565-68) Schwendi, és utóda Rueber egyetértettek abban, hogy a Birodalom nincs felkészülve a háborúra, de még Schwendi hosszú távú békét akart és a végvári vonal korszerűsítését, ennek érdekében, addig Reuber 6 éves előkészületek után támadó hadjáratot akart indítani a törökök ellen. A Haditanács Schwendi kiválóan felvázolt elképzeléseit fogadta el.
A végeken egyfolytában dúltak a határmenti harcok, így a korszerűsítés valóban fontos volt.Miksa halála után Rudolf igen keveset törődött az államügyekkel. A végvárrendszer építési munkáit Ernő és Miksa főhercegekre, a Királyság kormányzását Radóczy egri püspökre bízta.
Erdélyben János Zsigmond halála után feszült viszonyok uralkodtak. János Zsigmond bizalmasa, politikai végrendeletének hű híve (testámentumos főúr) a Habsburg-barát Bekes Gáspár a speyeri szerződés (1570) betartásához ragaszkodott.
Báthory István és a főurak jó része, valamint a törökök is a speyeri szerződés semmiségét vallották, és nem kívánták Erdélyt átadni a Habsburgoknak. Az uralkodóvá kikiáltott Báthory, hogy jelezze azt, hogy formálisan a király alattvalója, vajdának címezte magát. Miksa ennél azonban többet akart. bekes a császár engedélyével sereget toborzott a Felvidéken Erdély ellen, és a Portánál is próbálkozott: kétszeres adót ígért Erdély átengedése fejében.
1575-ben a Bekes által gyűjtött sereg és az erdélyi csapatok Kerelőszentpálnál csaptak össze (július 8.). A csatában Báthory nyert – Bekes elmenekült. Híveit kivégezték, s az őt támogató székelyek közül is sokat felakasztottak.
Ugyanez év decemberében Báthory istván lengyel királlyá választották. A fejedelem áttette a székehelyét Krakkóba, Erdélyt pedig testvére, Kristóf irányítására bízta. Felvette az erdélyi fejedelmi címet, és a dinasztialapítás reményében Kristóf fiát Zsigmondot nevezte ki vajdává. Báthory Kristóf halála (1581) után, mivel Zsigmond még kiskorú volt, kormányzótanács vette át a végrehajtást (Csáky Dénes Sombori László, Bocskai István), az irányítás a királyi kancelláriából történt (Lengyelországból). 1583-ban 3-as tanácsot állítottak Erdély élére (Kendi sándor, Kovacsóczy Farkas, Sombori László). A humanista „puha” kormányzatot 1585-ben váltották le. Ghiczy János lett a kormányzó, aki 1588-ig viselte ezt a tisztet Báthory István 1586-ban, törökellenes koalíciójának létrehozása előtt halt meg.
Báthory István másik öccsének, Andrásnak a fiai (Boldizsár, váradi kapitán, ifjabb István fogarasi parancsnok, illetve András püspök) nem nyugodtak bele, hogy a hatalmat a politikailag etikailag befolyásolható Zsigmond örökölje. A felbolydult politikai helyzetben az erdélyi rendek elértéka jezsuiták kitiltását Zsigmond nagy korsítása fejében. Ezután a kancellária megkísérelte a leszámolást Boldizsárral akit a tervről maga Zsigmond értesített. boldizsár megölette a fejedelem titkárát (Gyulay Pál) és nevelőjét (Gálffy János) (1592. december 10.)
Zsigmond – a halott B. István, és anyai nagybátyja, Bocskai István hatására törökellenes terveket szőtt. A pápa szándéka is az volt, hogy Erdélyt bevonja a törökellenes szövetségben (Carillo atya követ), a „törökös párt” vezetői, Báthory Boldizsár, Kovcsóczy Farkas és Kendi Sándor (előbbiek Kendi vejei) azonban hallani sem akartak a török szövetség felbontásáról. Zsigmond 1594-ben fegyverrel kényszeríttette őket és az országgyűlést a Portával való kapcsolat felszámolására, és a Szent Ligához (pápa, Habsburgok, Velence) való csatlakozásra. Néhány hét után a törökös párt került fölénybe, újra szövetséget kötöttek a törökkel, Zsigmond lemondott. Már augusztusban (1594) azonban vissza is vette azt Boldizsártól, Bocskai segítségével. A törökös párt vezetőit (Kendy, Báthory Boldizsár, Kovacsóczy Farkas éa 9 úr) kivégezték. A török szövetséget ismét felmondták (augusztus 27).
Zsigmond Rudolf oldalára állt a 15 éves háborúban, cserébe fejedelmi címének elismerését, Habsburg feleséget és a fegyverrel visszaszerzett területek tulajdonjogát követelte. A szövetséget 1595. január 28-án Prágában kötötték meg, Zsigmond felesége Mária Krisztierna főhercegnő lett. A „hosszú háború” ekkor már 2 éve zajlott. 1593-ban, annak ellenére, hogy 1590-ben Rudolf meghosszabította a drinápolyi békét, a törökök hadmozdulatokba fogtak: elfoglalták Veszprémet és Palotát. A magyar támadás Pálffy Miklós gróf, alsó-magyarországi főkapitány vezetésével indult 1593 őszén. Von Teuffenbach, Dobó Ferenc, Rákóczy Zsigmond Romhánynál (1593. november 11) állították meg a törököket és visszavették Fülek várát.
Pálffy Nógrád várát foglalta vissza, Zrinyi György és Mátyás főherceg a Dél-Dunántúl kisebb területeit, (1594 tavasz), s májusban megkezdődött Esztergom ostroma is. (Balassi Bálint itt halt meg). Sem ezt a várat nem sikerült bevenni, sem Tatát és Győrt megtartani. 1594-ben Tata és Győr is török kézre került.
1595-ben szállt be a háborúba Erdély és Havasalföld illetve Moldva is (Vitéz Mihály, illetve Áron vajdák) Szinán nagyvezír a függésből kilépni akaró vajdák ellen sereget indított).
Zsigmond és Vitéz Mihály seregei Gyurgyevónál győzelmet arattak a török felett (1595. október 29). Közben sikerült Esztergom visszafoglalása is (szeptember) A vár kapitánya Pálffy Miklós lett. Nekilátott Buda ostromának előkészítéséhez.
A gyurgyevói csatában való részvételért Zsigmond a székely szabadság visszaadását ígérte, ez azonban az erdélyi nemesek ellenállásán meghiúsult. A lázadó székelyeket Bocskai István verte le („székely farsang” 1596).
A keresztény és török csapatok ütközetére 1596. október 26-28. közt került sor Mezőkeresztesnél. A kezdeti keresztény fölény ellenére a törökök arattak győzelmet. Zsigmond „szégyenében” 1597-ben Erdély átadásáról kötött szerződést Rudolffal (Oppeln és Ratiborn hercegségekért) és megint lemondott a trónról. Erdély irányítását Miksa főherceg vette át. Zsigmond a „szegényes” birtokok és az őt fogadó ellenszenv miatt 1598-ban újra visszaszerezte hatalmát, majd nemsokára újra lemondott és Báthory Andrást beszélte rá a fejedelemségre (1599). András törökbarát politikáját sok erdélyi nemes is támogatta.
Erdély felett azonban viharfelhők gyülekeztek: Rudolf fegyverrel készült Erdély megszerzésére a törökkel még nem született béke, Bocskai pedig a törökellenes harcra gyűjtött seregeket.
A székelyek kiábrándulva a Báthoryakból a „törökös” Erdélyre támadó Mihály vajda mellé álltak, és Sellenberk falu mellett 1599. októberében legyőzték Báthory Andrást, akit menekülés közben öltek meg. Mihály vajdát a gyulafehérvári országgyűlés fejedelemmé választotta. Miután kijelentette, hogy Erdélyt nem adja át a Habsburgoknak, Rudolf megvonta a támogatását. Vitéz Mihály emberei rablásból tartották fenn magukat. Az erdélyi nemesség Giorgio Basta segítségével 1600 szeptember 18án Miriszlónál legyőzte Mihály vajdát. Erdély meghódolt a Habsburgoknak, a törökösök azonban puccsot hajtottak végre: visszaültették a fejedelmi székben Zsigmondot, akit Mihály vajda és Basta seregei győztek le Goroszlónál (1601. augusztus 3.). 1602-ben Székely Mózes vette át a kezdeményezést: a szultán támogatásával 1603-ban fejedelemnek címezte magát, de Radul havasalföldi vajda Brassónál legyőzte és megölette.
A háborúra érkező segélyek jelentős része elfolyt, nem oda került ahová szánták. A kiadások helyreállítása érdekében a nemesek vállalták a költségek egy részét, bevezették a háziadót, kiárusítottak egész országrésznyi területeket – a költségvetést azonban nem sikerült rendbe hozni.
Felülvizsgálták a városi költségvetéseket is, s amikor azok tiltakoztak, eretnekséggel vádolva őket a protestantizmus felszámolása érdekében Belgiojoso kapitány elfoglalta a lutheránusok birtokában lévő kassai főtemplomot. A vármegyék az ígért vallásszabadságért cserébe megszavazták az adót, Rudolf viszont utólag belefoglalta a törvényekbe azt is, hogy az országgyűlésen vallás ügyekről nem eshet szó (1604). a városok fegyveres tiltakozásra készültek.
A városok és a mindenből kiábrándult erdélyiek egyszerre találták meg emberüket Bocskai István személyében (1605. február 21.) Az erdélyiek fejedelemmé választották. Bár törökellenes tervei voltak egészen addig, a Porta is elismerte fejedelemségét. Bocskai vezetésével szabadságmozgalom bontakozott ki. Bocskait a rendek Szerencsen az egész ország fejedelmévé választották (1605. április 20.).
Bocskai nem kívánta hosszúra nyújtani a háborút a háborúban, ezért első sikerei után békét ajánlott. Az 1606. júniusban kötött bécsi béke szabad vallásgyakorlatot, nádor választását, az alkotmány vissaállítását, az erdélyi fejedelemség elismerését szögezte le.
1606. november 11-én Zsitvatoroknál (a Duna és a Zsitva torkolata) megkötötték a Habsburg-török békét is. a szultán felmentette a Habsburgokat az évi adófizetéstől. A béke 20 évre szólt.