II. Rákóczi György (1648-60 Erdély fejedelme) lengyel hadjárata előtt, 1657. januárjában Barcsay Ákosra, Rhédey Ferencre és Serédy Istvánra bízta Erdély vezetését. Nem vette tudomásul, hogy a Porta visszarendelte a seregeit, mivel nem voltak friss hívei a Köprülü – reformokról.
Lengyel hadjárata kudarcot vallott, serege Kemény János vezetésével tatár fogságba került, ő maga pedig hazavágtatott. A Porta nyomására Erdély fejedelmévé Rhédey Ferencet választották, de Rákóczi bevonulásával megakadályozta felesketését, és elérte, hogy a rendek visszafogadják.
I. Lipót nem sietett a segítségére, mivel továbbra is békére törekedett a törökkel.
Köprülü Mohamed maga jött rendet tenni. Feldúlta Szebent és Brassót, a gyulafehérvári fejedelmi sírokat és palotát. György hősiesen védekezett, de végül kénytelen volt átadni Jenőt a törököknek. Köprülü Mohamed a jenei táborba hívta az erdélyi rendeket (akik eddig Déva várában tanácskoztak), hogy megválasszák fejedelemmé Barcsay Ákost. Barcsay békére törekedett, de a rendeknek nem volt szimpatikus. Politikáját kicsapongónak vélték. Török nyomásra mégis megválasztották. A fejedelmi címért cserébe Barcsay hadisarcot és évenkénti adót vállalt, átadta Lugos és Karánsebes várát és ígéretet tett Rákóczi és a szőkésben lévő vajdák elfogására. (1658. szeptember)
Rákóczi 1659. márciusában Barcsay javára lemondott a fejedelemségről, valójában azonban sereget gyűjtött királysági birtokain, de a portai hadisarc fizetésére kényszeríttet székelyek is csatlakoztak hozzá.
1659. augusztusában Rákóczi Gorbón ütközött meg Barcsayval. Barcsay Szebenre vonult vissza. Rákcózi tavaszig ostromolta Szebent, majd a budai pasa ellen indult. Szászfenesnél azonban csatát vezstett (1660. május 22.), és néhány nap múlva sebeibe belehalt.
Barcsayt (1658-1660) fogságba vetették a portai adó késlekedése miatt, Várad pedig török kézre került (1660. augusztus). Barcsayt végül szabadon engedte Ali pasa, de az erdélyiek bizalma, ha lehet még jobban megrendült iránta. A bizalom immár Kemény Jánost illette, aki ekkor tért haza a tatár fogságból. (Barcsay váltotta ki).
Kemény vádolta II. Rákóczi Györgyöt, de Barcsayt is, és magát tartotta jó vezetőnek Erdély élére. 1660. novemberében székely és hajdú sereggel betört Erdélybe. Barcsay Ákos lemondott a trónról. Kárpótlásul Görgény várát kapta.
Kemény János (1661-1662), bár formálisan hűséget ígért a Portának, kezdettől fogva törökellenes, és Bécs orientált politikát folytatott. A Porta határozottan ellenezte Kemény János fejedelemségét. Az áprilisban összehívott besztercebányai országgyűlés nyíltan szakított a Portával és a császári védelemért folyamodott. A Porta nem nézte tétlenül a fordulatot: büntetőhadjárat indult Erdély ellen. Kemény János bérgyilkosokkal megölette az új helyzetben ismét kulcspozícióba kerülő Barcsayt, nehogy a törökök újra őt segítsék hatalomra (1663. július).
Kemény János bizakodva várta a császári segítséget, a Porta azonban nem akart Habsburg háborút, így megegyezett I. Lipóttal, hogy Várad török kézen marad, Zrínyiújvárat Lipót leromboltatja, Keményt pedig nem támogatja többé. Ennek fejében a törökök nem indítanak Habsburg-ellenes támadást, és az erdélyi hadjáratot is beszüntetik. Montecuccoli tábornok parancsot kapott, hogy ne avatkozzon a harcokba.
Erdélyben közben ellenfejedelmet választottak I. Apafi Mihály személyében. Kemény János és Apafi küzdelmei Nagyszőlősnél dőltek el, ahol Apafi és a jenei pasa seregei együttesen vereséget mértek Kemény Jánosra. A csatádban Kemény is meghalt (1662. január 22.)
Erdély trónját I. Apafi Mihály vette át (1661-1690). Kortársai nem tartották nagyra. Ő azonban inkább a tárgyalóasztaloknál kívánt győzedelmeskedni, mintsem elhamarkodott döntéseket hozni a harctéren.
Uralkodása első éveiben lehetőség nyílt egy nemzetközi törökellenes ligához, a Rajnai Szövetséghez való csatlakozásra. A királysági politikusok igyekeztek Apafit is bevonni a koalícióba. A törökök a szervezkedés hírére hadjárattal válaszoltak. Céljuk a királyság meghódoltatása volt, és nem zárkóztak el az Erdéllyel történő egyesítéstől sem, Apafi királysága alatt. Apafi vonakodva vett részt a harcokban, jelezve, hogy erre nem tart igényt.
A királysági hadak viszont a Rajnai Szövetség katonáival kiegészülve ellenhadjáratra készültek, tervbe vették Várad visszavételét is. Ez nem sikerült (1664. május), és mivel sem Lipót, sem a szultán nem akart hosszadalmas háborúba bonyolódni, 1664. augusztus-ban Vasváron békét kötöttek. Ennek alapján Erdély a Porta fennhatósága alá tartozik, és ezt Lipót is elismeri, Szabolcs, Szatmár pedig visszakerülnek a Királysághoz.
A vasvári béke Erdély külpolitikáját csak Bécs és Sztambul közé korlátozta, a nyugati lehetőségeit elzárta. A kitörésre új alkalmat adott a Wesselényi-összeesküvés bukása (1671) után a nyugati határokon felgyülemlő bujdosósereg. Apafi felismerte, hogy ezekből a bujdosni kényszerült katonaelemekből meg lehetne szervezni Erdély hadseregének a magvát, amivel már egyenrangú félként tárgyalhat Európában. A bujdosók közt kezdetben az Erdély főségét elismerők lehettek többen, vezéreik fejedelempártiak voltak (Teleki Mihály, Wesselényi Pál).
Nagy hatással volt az 1671-73-as lengyel – török háború török kudarca is. Lehetőség nyílt a francia kapcsolatokkal is rendelkező Lengyelország (s így Franciaország) felé való nyitásra. A Bécs és Sztambul közti egyensúlypolitikát végrehajtó Bánffy Dénest félreállították, majd miután ebben nem nyugodott bele, fő- és jószágvesztésre ítélték.
Apafi Mihály 1677. májusában szövetséget kötött XIV. Lajos francia királlyal (a varsói francia követ, Akakia útján). XIV. Lajos pénzbeli segítséget ígért a Habsburg ellenes hadjáratokhoz.
A Portának azonban aggodalmai támadtak Apafi hadjáratával kapcsolatban, s félve, hogy Apafi nem a Királyságot szándékszik a Porta számára meghódítani csak 1678-ban kapott engedélyt a hadjáratra. Ekkor azonban már időszerűtlen volt a támadás, a franciák béketárgyalásokba kezdtek a Habsburgokkal. A béke 1679d-ben Nymwegenben köttetett, s az 1677-es megállapodás szerint Franciaország Erdélyt is szövetségesei közé sorolta.
A hadjárat azonban csalódást okozott a bujdosó katonák seregének. Megrendült a bizalmunk a fejedelem és a harcászathoz mit sem értő Teleki Mihály iránt is. A bujdosók seregének nagyobbik része a Thököly Imre vezetésével önállósította magát, és a Garam menti bányavárosokig nyomult előre. 1680-ban Teleki helyét is átvette a hadseregben. Mind a bécsi udvar, mind a Porta fontosabb ellenfélnek ítélte a fejedelemnél. Thököly mindkét féllel alkudozott, végül a Porta felé fordult, amely Habsburg-ellenes hadjáratra készült.
Thököly 1682. szeptemberben vette át Fülek várában a szultáni athnamét, amely őt Magyarország királyának címezte. Ő maga a fejedelmi címet viselte alkudozott Béccsel, amely kénytelen volt elismerni. Thököly felső-magyarországi fejedelemségét. Thököly tekintélyét emelte, hogy (az Apafi által félreállított) I. Rákóczi Ferenc özvegyét, Zrínyi Ilonát vette feleségül.
A törökök közben hadjáratot indítottak Bécs ellen (1683), amelyben részt kellett venni az azzal egyet nem értő amelyben részt kellett vennie az azzal egyet nem értő Apafinak is. A hadjárat kudarccal végződött, Jan Sobieski lengyel király felmentette az ostromlott várost. Kara Musztafa nagyvezír elzárkózott a békétől, ami a támadás gondolatát erősítette fel Bécsben. 1684-ben létrejött a törökellenes Szent Liga (XI. Ince pápa, császár, Lengyelország, Velence + 1686 Oroszország), és ebben az évben kötött 20 évre fegyverszünetet Franciaország és a császár.
Erdély a török hadjárat kudarca után egy darabig a Porta általi megerősödésben bízott, ám 1684-től egyre inkább a törökök ellen fordult. Elismerték Lipót uralmát is (kercsesoraszesz, 1685), titokban csatlakoztak a Szent Ligához.
Elutasították viszont a Felső-Magyarországról kiszoruló Thököly közeledését, személyes sérelmek (1678) miatt.
Thököly török fogságba esett, de a Porta gyorsan felismerte, hogy a Bécsiek mind nagyobb engedményeket tevő Apafival szemben fel lehet léptetni Thökölyt.
Thököly 1686-os Apafi-ellenes hadjáratát Teleki szétverte, így Thököly a kuruc király a török oldalán vett részt, az al-dunai harcokban.
Ekkor már nyilvánvalóvá vált az Oszmán Birodalom hatása (1686. szeptember 2.)
Apafi számára a legfontosabb kérdéssé az vált, hogy a békeokmányokban Erdély, mint szuverén állam szerepeljen. Ennek érdekében I. Lipót és (Apafi megbízásából) Haller János 1686-ban titkos szerződést kötöttek.
Lipót viszont Erdélyben akarta kifeleltetni a Budát felszabadító seregét. Apafi nem térhetett ki, de a balázsfalvi egyezményben újabb garanciát kért a szuverenitásra (1687).
Bécs azonban másképp döntött. Caraffa generálist megbízták a különállás felszámolásával.
1686-ban (május 9.) megszületett a fogarasi nyilatkozat, amely felszámolja a török védnökséget, Erdély újra a királyság része, és évi 700.000,- Ft kényszeradót fizet.
Két évvel a döntés után Apafi Mihály meghalt (1690).
Halála után a törökök a fejedelemséget Thökölyre ruházták. Thököly és serege átkelt az erdélyi határszorosokon és 1690. augsztus 21-én zernyestnél Teleki és Heisler ellen csatát nyert. Teleki meghalt, Heisler fogságba esett. Szeptemberben Erdély rendjei fejedelemmé választották. Felajánlotta segítségét Lipótnak, a császári csapatok azonban üldözőbe vettek, a tatárok cserbenhagyták, így kiszorult Erdélyből. A fejedelemséget nem sikerült visszaszereznie. A Porta Nikodémiába internálta, itt halt meg 1705-ben.
Ez az időszak változásokat hozott Erdély népességében, gazdaságában, társadalmában is.
A népesség a török – tatár dúlások miatt elvándorolt a biztonságosabb helyekre, az elnéptelenedett területekre királysági, havasalföldi, moldvai menekültek érkeztek.
A Habsburg katonai megszállás alatt viszont Erdély lakói menekültek el.
Az Alföldre, illetve Kassára vezető kereskedelmi utak Várad, eleste után bezárultak, felértékelődött viszont a Lengyelországgal való kereskedelem.
A jövedelmek I. Apafi Mihály alatt nem fedezték a megnövekedett kiadásokat 8portai adó 4-szeresére nőtt, hadisarc, udvar, zsold, Habsburg katonák kiadásai) így a kincstári bevételek (bányák, adó) elégtelensége miatt nőttek az adóterhek.
Erdélyben a természeti adottságok miatt nem alakultak ki nagy, összefüggő allódiumok, a birtokok elaprózódása volt jellemző. A jobbágyságot korlátlan robot terhelte. A nemesség, jövedelmei szinte kizárólag a jobbágyszolgáltatásokból tevődtek össze.
A társadalmi szerkezet átalakult: a székely kiváltságok elenyésztek, a lófők nemességet kaptak, a gyalogos székelyek jobbágyi sorba süllyedtek.