Az 1640-es évektől a fiatal magyar főurak – Batthyány Ádám, Esterházy László, Pongrách Ádám, Zrínyi Miklós – legfőbb találkozóhelye Pálffy Pál gróf udvara lett, ahol a „köz jó és a haza” érdekében széles látókörű, belső reformokkal tűzdelt politikát alakítottak ki. Pálffy Pált az országgyűlés 1649-ben nádorrá választotta. Politikájának köszönhetően a királyi országrész érdekei nem süllyedtek el a dinasztia érdekei mellett, hanem kölcsönösen érvényesültek.
Az ifjú Zrínyi Miklós itt, Pálffy Pál udvarában alapozta meg politikai elképzeléseit: az ország válságát belső reformokkal kell véghezvinni, mert csak így valósítható meg a török kiűzése. Katonai-politikai elképzeléseit számos művében vetette papírra: Tábori kis tracta c. munkája befejezetlen maradt, ebben a korszerű hadakozás feltételeit írja le. A Vitéz hadnagyban (1652) a gyakorlati képzésről, és a nemzetközi összefogás pontosságáról ír. Legfontosabb irodalmi alkotása a Szigeti veszedelem, dédapja 1566-os hősiességét állítja példaképül saját kora elé.
Pálffy Pál nádorrá választásának évében, 1649-ben az udvar újabb 22 évre meghosszabbította a zsitvatoroki békét, a status quo elvei alapján. Ennek ellenére a határok mentén kisebb-nagyobb összecsapások továbbra is fennmaradtak.
Zrínyi, mivel birtokai állandóan ilyen támadásoknak voltak kitéve, tapasztalt katonává edzhette magát. Harctéri tapasztalatait művei is tükrözik. 1653. Pálffy Pál meghal.
Zrínyi reformelképzeléseit az 1655-ös országgyűlés törvényei is tükrözik. Ezen az országgyűlésen a dinasztia az örökletes királyság tervével állt elő, ezt azonban az országgyűlés elutasította, és a királyválasztás és a nádorválasztás mellett adta le voksát. Az új nádor Wesselényi Ferenc lett
Az országgyűlésen törvények is születtek: a végvárrendszer felújításáról, fegyverrel való ellátásukról, élelmiszerraktárak építéséről.
A királyi országrész üdvözölte II. Rákóczi György lengyel hadjáratát, mert annak sikere esetén Lengyelországból kiindulva törökellenes szövetséget lehetett volna létrehozni. A hadjárat azonban összeomlott, a szultán Erdély ellen szankciókat léptetett életbe. II. Rákóczi György az Udvarhoz fordult. Kész volt együttműködni, ha nem kell a töröknek behódolnia.
Wesselényi nádor általános felkelést hirdetett, Zrínyi Horvátország és Velence segítségével igyekezett Erdélyből elvonni a török haderőt.
A János Fülöp mainzi választó (érsek) által szerveződő Rajnai Szövetség is támogatta a törökellenes háború gondolatát. Bár fiatalnak tartják Lipótot, elfogadják német-római császárságát, ha háborút indít a török ellen. Lipót mindent megígér, de császárrá választása után mégsem kívánja felbontani a zsitvatoroki békét.
Az 1659-es pozsonyi országgyűlés a döntéseinek már nem tudott érvényt szerezni: a török Barcsay Ákost tette meg erdélyi fejedelemmé, II. Rákóczi György pedig a szászfenesi csatában, 1660-ban
A török ostrom alá fogták Váradot (1660) is. Zrínyi, hogy a török haderőt megossza, Kanizsát kezdte ostromolni, de a Titkos Tanács tilalmára fel kellett hagynia az ostrommal.
Annak ellenére, hogy a király elfogadja a több oldali támadás tervét és a velencei, lengyel szövetséget, a Rakamaznál állást foglaló hadseregnek megtiltják a támadást, így azok tétlenül nézik végig Várad török kézre jutását.
A felháborodás leszerelésére Lipót Bécsben tárgyalt a magyar urakkal. Ezek Opiniójukban a király elé terjesztették az általános felháborodás okait: a törökök a béke ürügyén egyre nagyobb területet hódoltatnak meg; a magyar pénzből fenntartott hadsereg nem száll harcba velük, ellenben kifosztja a magyar lakosságot.
Az egyetlen kiutat nemzetközi összefogással indított felszabadító háborúban látták, mert ha ez nem következik be, a Királyság is beolvad a Hódoltságba.
A főurak vagyonukat is felajánlották a háború céljaira, s készek voltak mindenben támogatást nyújtani.
Erdélyben közben Kemény János fejedelem kimondta elszakadását a Portától, és Lipóttól kért segítséget: Montecuccoli el is indult Erdélybe, de mivel a törökök közben I. Apafi Mihályt tették fejedelemmé, a Keménynek tett ígéretek érvénytelenné váltak; Montecuccoli harc nélkül visszavonult. Kemény János végül 1662-ben, a nagyszöllősi csatában halt meg. A hadjárat kudarca nemzetközi visszhangot keltett. Montecuccoli, hogy védje magát és ne adja ki a titkos török-Habsburg megállapodást, a magyarokat tette felelőssé röpirataiban.
A király, hogy kiengesztelje, titkos tanácsossá nevezte ki Nádasdyt és Zrínyit, Wesselényit pedig aranygyapjas renddel tüntette ki.
Az összeülő országgyűlés nem csak a kudarc, hanem a vallásszabadság sérelme (újabb erőszakos templomfoglalások) miatt is tiltakozott. Erős kormányzatot, a vallásszabadság helyreállítását, a beszállásolt német katonák kivitelét követelték. A Titkos Tanács nem tudta megoldani a válságot, a városi és vármegyei követek Zrínyihez fordultak. Zrínyi ismételten az összefogást hangsúlyozta. A kudarcért Montecuccolit tette felelősség.
Az országgyűlés a programnak megfelelő törvényeket is hoz: az uralkodó köteles magyar követeket is tartani a Portán, a magyarokat is bevonni a béketárgyalásokba, korszerűsítik az adórendszert, a védelmet, honosítanak több külföldi vállalkozót, így azok kötelesek részt vállalni a terhekből. Lipót a törvényeket szentesítette.
1663. januárjában már tudni lehetett, hogy török offenzíva indul a Királyság meghódoltatására, de a birodalmi segély késlekedett. Köprülü Ahmed Párkánynál legyőzte Forgách Ádámot, és ostrom alá vette Érsekújvárt.
A Habsburgok békeajánlattal a török táborba küldték Reninger követet, de a török feltételei irreálisak voltak, így a béke nem jött létre. (2 millió Ft sarc, évi 30.000 arany adó, Zrínyiújvár lerombolása stb.)
Lipót védelmi háborúhoz kérte a Rajnai Szövetség segítségét. Zrínyi és köre viszont az egyedüli esélyt a támadó háborúban látták.
1663. elején a tanácskozások elfogadták Zrínyi koncepcióját. Zrínyi együttműködésre szólította fel a főkapitányokat, a nádor pedig a jóváhagyást be sem várva nemesi felkelést hirdetett.
Zrínyi visszavert egy török támadást Zrínyiújvárnál. Lipót Zrínyibe vetette a bizalmát. A védelmet későn szervezték meg, Montecuccoli serege csak nyárra állt fel Magyaróvárnál.
A nádor, az országbíró és a horvát bán szövetséget kötöttek s követeket küldtek a Rajnai Szövetséghez.
A haditervet Zrínyi, Montecuccoli és Gonzaga, a haditanács elnökhelyettese közösen dolgozta ki.
Érsekújvár közben szeptember 25-én megadta magát, Pozsony elfoglalása azonban nem sikerült. A törökök hódolásra felszólító iratokat terjesztettek a Királyságban. A terv szerint Apafit ültették volna az egész ország királyi székébe, ha Magyarország vállalja a vazallusi státuszt. Apafinak a terv nem volt ínyére, a török oldalán is csak vonakodva vett részt a harcokban.
A hódoltatási tervekre Zrínyi fegyverrel válaszolt: októberben győzelmet aratott Vízvárnál, megvédi Zrínyiújvárat és novemberben a Muraközben mér vereséget a törökökre.
Köprülü Ahmed hódoltatási terve meghiúsult. A törököké maradt viszont Érsekújvár, Nyitra és Léva is. A törökök fenyegető ultimátumot küldtek Lipótnak egy újabb támadásról.
Már 1663. őszén követség indult a Rajnai Szövetséghez, amely elfogadta a nemzetközi összefogás gondolatát, és csapatokat indított Magyarországra Honhenlohe vezetésével Hohenlohe és Zrínyi közösen kidolgozott haditerv alapján indítják meg a téli hadjáratot, és sikereket érnek el: el foglalják Berencét, Babocsát, Pécset, és a Dráváig nyomulnak előre, ahol felégetik az eszéki Dráva-hidat, elvágva ezzel a török felvonulás útját.
A téli hadjárat sikerét Zrínyi Péter és Frangepán Ferenc viszik Regensburgba, ahol a Rajnai Szövetség ülésezik. Figyelmeztetik Lipótot, hogy most kell támadást indítani, mert a törökök a Bécs alá vonulást tervezik.
A szövetség támogatja Zrínyit és 1664 tavaszára óriási haderő gyűlik össze Magyarországon. A hadjáratot azonban késve kezdték el, mivel a hadvezetésről szóló viták elodázták az indulást. Végül a legrosszabb megoldásként megosztották a vezetést. Sonches marshall és Csáky Pál, Petróczy István visszafoglalták Nyitrát, Lévát, győztek Zsarnócánál és Garamszentbenedeknél (1664).
Montecuccoli az Észak-Dunántúlon foglalt állást, Zrínyi a Dél-Dunántúlon a horvát, a Batthyány, Erdődy-ezredekkel, a vármegyék csapataival és Hohenlohéval Kanizsát kezdte ostromolni (április vége).
Köprülü Ahmed közben hajóhídon átkelt a Dráván és Kanizsa felmentésére indult. Zrínyiék kénytelenek voltak Zrínyiújvár alá visszahúzódni. Köprülü Bécs felé tartva először Zrínyiújvárat kívánta lerombolni. Közben Montecuccolit főparancsnokká léptették elő. A Rába bal partján vonult, míg Köprülü a jobb parton tartott Bécs felé. Köprülü augusztus 1-én kezdeményezett, Szentgotthárdnál átkelt a folyón. A csatát Montecuccoli ezrede nyerte. Köprülü nem folytatta útját Bécs felé, visszafordult. Útközben felrobbantották Zrínyiújvárat.
1664. szeptember 9-én Köprülü és Lipót megkötötték a botrányos vasvári békét, amely a téli-tavaszi hadjárat sikerei ellenére a török előnyt tartotta fenn és lényegében a zsitvatoroki béke kiegészítése volt. A béke a nemzetközi szokásjogot is sértette, mert a szövetségesek nem tudtak róla.
A békében a császár elismeri a török foglalásokat, Érsekújvár, Várad török kézen marad. Zrínyiújvárat nem építhetik újjá. A békét csak szeptember 27-én hirdették ki nyilvánosan. Nemcsak az ország, de a nemzetközi diplomácia is értetetlenül fogadta.
Zrínyi júliusban, vára felrobbantása után elégtételért vonult a császár elé, de az nem fogadta őt. Zrínyi mégis megkísérelte véghez vinni az országegyesítést, a török kiűzését a magyar területekről. Úgy akarta Magyarországot felszabadítani, hogy az ne váljon eszközzé a nemzetközi viszonyok hálójában.
A Zrínyi környezetében íródott Elmélkedés megtárgyalja mind a behódolás mind a királysági oldalról történő továbblépés lehetőségét, de mindkettőt elveti. Megoldást a szomszédos népekkel való konföderációban lát. Ehhez több évre, évtizedre lett volna szükség. Zrínyi azonban 1664. novemberében egy vadászat alkalmával meghalt.