Kara Musztafa nagyvezír 1683-ban újabb támadást indított, végső célja Bécs elfoglalása volt. A Habsburg seregek fővezére Lotharingiai Károly lett. Ukrajnánál a lengyel szövetséges, Sobieski János tervezett támadást. Arra senki sem számított, hogy Kara Musztafa Bécset veszi ostrom alá. Az osztrák politika a védekezés megszervezésével is elkésett. A Vágnál Esterházy nádor, a Rábánál és Rábcánál Batthyány Ádám és Draskovich Miklós foglaltak állást.
A törökök feltartóztathatatlanul nyomultak előre. A királyi Magyarországot feladták (július). Lipót Linzbe menekült. Július 14-én Bécs ostroma elkezdődött. A védő, Rüdiger generális minden forrást igénybe vett. Bécs védelmére folyt el az esztergomi érsek teljes ezüstkészlete és a felajánlott félmillió dukát. A végső pillanatban érkezett a Lotharingiai Károly és Sobieski János vezette felmentő támadás. A kahlenbergi csata után Lipót békére kényszerült, Sobieski azonban tovább üldözte Kara Musztafa seregeit. Párkánynál október 9-11. közt sikerült megsemmisíteni Kara Musztafa maradék haderejét. Thököly, bárhogy is elvárta a török, nem vett részt a harcban.
A Thököly-országrész maradt az egyetlen biztosíték a viszonylagos nyugalom fenntartására. Az udvar a bányavárosokat maga adta át Thökölynek, nehogy török kézre jussanak. Thököly felajánlotta részvételét a törökellenes harcokban, a császári követ azonban elutasította. Október végére Esztergom megadta magát a felszabadítóknak.
1684-ben XI. Ince pápa létrehozta a Szent Ligát a Habsburgok, Velence és Lengyelország részvételével a török kiűzésére. Már ebben az évben megkezdte Buda ostromát, de Ibrahim pasa felkészült a támadásra, így az ostromot november elején abbahagyták.
A sikereken felbuzdulva Thököly Felső-Magyarországi fejedelemségében is harcok folytak. Thököly ismét kísérletet tett a Szent Ligához való csatlakozásra. Ennek ellenére a császári csapatok erőszakkal igyekeztek bevenni a felső-magyarországi várakat. Thökölyt a török is megbízhatatlannak ítélte, és csellel elfogta. A Fejedelemségének várai a császárhoz kerültek, s maradék hadereje is csatlakozott a törökellenes harcokhoz. (1685)
A császári és királyi seregek bevették Szolnokot, Aradot, és elfoglalták a Tiszántúlt.
1685. július – augusztusban sikeresen visszafoglalták Érsekújvárat (nyergesújfalui csata). 1686-ra a Szent Liga kibővült: Brandenburg és Oroszország is csatlakozott. Erdély is a Ligába lépett. Az ostromot (Buda) 1686. június 18-án kezdték meg. A seregben minden európai náció képviseltette magát. A magyar seregrészeket Zrínyi Ádám, Petneházy Dávid, Bottyán János, Esterházy János vezényelték. Harcoltak a magyar hajdúk is.
A várat (Buda) végül szeptember 2-án, rohammal vették be. A védő, Abdurrahman pasa elesett.
A menekülő törököktől bevették Pécset és a Dráva-Száva közének nagy részét, valamint Szegedet. I. Lipót a sereget Erdélyben szerette volna kiteleltetni. Apafi nem térhetett ki a terv elől, de biztosítékot akart Erdély önállóságának megőrzéséről. 1687-ben Balázsfalván kötöttek egyezményt. Az udvar azonban ezt nem fogadta el, s Caraffa generálist bízták meg Erdély különállásának felszámolásával. 1688-ban jött létre a fogarasi nyilatkozat, amely Erdélyt a királyságba tagozza, kényszeradó fizetésére kötelezi. Nem sokkal ez után (1690) meghalt I. Apafi Mihály. A Porta a fejedelemséget Thökölyre ruházta át, aki 1690 nyarán betört Edélybe, majd augusztus 21-én csatát nyert Zernyestnél Teleki és Heisler ellen.
Szeptemberben Erdély fejedelmévé választották, ám nem sokkal később kivonult Erdélyből …. cserbenhagyták, menekülnie kellett. Részt vett még néhány csatában, majd a Porta Nikodémiába internálta, ahol 1705-ben halt meg.
Közben 1688-ban, 2 évi sikeres védekezés után, de kedvező feltételekkel Thököly felesége, Zrínyi Ilona kénytelen volt feladni Munkács várát a császári seregeknek.
1687-ben Eperjesen rendkívüli bíróságot állítottak fel, amelynek vádirata az egész magyarságot bűnösnek kiáltotta ki. A Thököly vezette szervezett összeesküvés elmélet, koholt vád volt csupán, a vádlottak gazdag kereskedők vagy birtokosok, akinek vagyonelkobzásával a kincstár helyzetét kívánták javítani. Ezzel ellentétben országos és nemzetközi felháborodást váltott ki.
1687-ben az országgyűlésen kitört a vihar: a képviselők követelték az eperjesi bizottság ítéleteinek eltörlését, a birtokok visszaadását. Kinsky kancellár ismét a jogeljátszás elméletét akarta érvényesíteni, s az előzetes tervekkel ellentétben a nádor az örökös királyság ellen foglalt állást.
Tárgyalások csak az eperjesi döntések visszavonása után kezdődtek. Az ún. „hálaadó” országgyűlés megszavazta az örökös királyságot, eltörölte az Aranybulla ellenállási záradékát, Lipót viszont hitlevélben szavatolta a törvények betartását, és a magyar berendezkedést magyarokra bízza.
Bevezették a hitbizományt (föld elidegeníthetetlensége, elsőszülött öröklése), amelyből kizárták a köznemességet. Ezekre a köz és adóterhek is nehezedtek. Nem növelik a szabad királyi városok számát, hogy a 4. rend ne erősödjön tovább. Lipót ezután azonban nem hívta össze Magyarország rendi gyűlését, s a felszabadító háborúk is elhúzódtak.
1690-ben törökök nagy erejű és sikeres ellentámadást hajtottak végre. Sikerült Belgrádot is visszafoglalniuk. Erdély jól kihasználta Bécs riadalmát, és kikényszeríttette a Diploma Leopodiumot, amely Erdély a Habsburg birodalmon belüli különállását szavatolja (1691).
Döntöttek arról is, hogy Erdély élére II. Apafi Mihály nagy…. esett.
Bánffy nem annyira Erdély, mint inkább saját érdekeit tartotta szem előtt. Megszilárdult a császári befolyás Erdélyben, és II. Apafi joggal tarthatott mellőzésétől. A félreállítás ürügye Apafi és árva Bethlen Kata be nem jelentett házassága volt. Apafit rávették, hogy mondjon le erdélyi fejedelemségéről, s cserébe birodalmi fejedelmi címet kap (1701).
A mellőzés miatt (rendek mellőzése) Magyarországon elégedetlenség lett úrrá. 1697-ben a mezővárosok és a végváriak kirobbantották a hegyaljai felkelést, amit azonban, mivel elszigetelődött, a császáriak levertek.
A visszahódítás döntő csatája 1697-ben, Zentánál zajlott. Savoyai Jenő csapatai mértek döntő vereséget a törökre.
A békét angol közvetítéssel 1699-ben, Karlócán kötötték. Magyar képviselők nem voltak jelen, az országot, mint a Habsburg birodalom részét kezelték. Erdélyt sem foglalták be a tárgyalásokba.