1613-ban Bethlen Gábor került az erdélyi fejedelmi székbe. A Habsburgokkal lepaktáló Báthory Gábort a Bethlent támogató Nagy András hajdúi gyilkolták meg. 1614-ben a Birodalom követei Linzben Erdély elleni „megelőző háborút” terveznek (a török veszély elhárítására), de Thurzó György nádor meggyőzi a gyűlést, hogy a háború Bethlen ellen esetlegesen a török támadás kockázatát is magával hozná.
1615-ben Bécs és Erdély között tárgyalások útján rendeződött a viszony: a nagyszombati egyezségben Bethlen elismerte, hogy Erdély a magyar korona része, és nem tesz katonai lépéseket a Királyság ellen.
II. Mátyás azonban a következő évben már Homonnai György fejedelmi jelölését és Bethlen elleni fellépését támogatta. A trónkövetelő csapatai Rhédey Ferenc verte szét Konyárdnál (1616). Bethlen közben átengedte a törököknek Lippa várát (1616), ami aggodalmat váltott ki a királyságban.
1617-ben a 2. nagyszombati egyezményben Bethlennek sikerült elérnie az ellene támadó Homonnai „megbélyegzését”. Bethlen, hogy biztosítsa Erdélyben a 3 nemzet támogatását, átadta a szászoknak Szeben városát (1614).
Ügyelt a saját hatalmának megerősítésére is: a rendek mellett az országgyűlésen növelte a fejedelmi tisztségviselők számát, ezzel nőtt a befolyása.
A régi adórendszeren nem változtatott, de merkantilista gazdaságpolitikát vezetett be. Teret engedett a külföldi bányászoknak, kereskedőknek, monopóliumokat vezetett be (só, marha, viasz, méz, higany) a külkereskedelemben.
Habsburg-ellenes törekvéseinek váratlan utat nyitott a 30 éves háború kezdetét jelentő cseh rendi felkelés. A csehek segítséget kértek a magyaroktól a konföderációra hivatkozva, akik közvetítést ajánlottak fel – ezt II. Ferdinánd és Thurn gróf egyaránt elutasították. A Thurzó Szaniszló vezette protestáns főurak viszont támadást ígértek a cseheknek. Ők teremtettek kapcsolatot Bethlen Gáborral is. Bethlen elérkezettnek látta az időt Erdély és a Királyság újraegyesítésére. 1619-ben indította hadjáratát. Szeptemberben bevette Kassát, októberre már Pozsony és Érsekújvár is az övé volt. A cseh-erdélyi seregek Bécset ostromolták. Az ostromot Homonnai György támadása miatt kellett félbeszakítani.
Annak érdekében, hogy megtarthassa az elfoglalt területeket, fegyverszünetet kötött II. Fedinánddal (kilenc hónapra, 1620. január 15.), majd augusztus 25-én beleegyezett, hogy a rendek Besztercebányán királlyá válasszák (a koronázást azonban késleltette).
Bethlen terveinek nem kedvezett a háború nemzetközi kiszélesedése. A cseh felkelés a fehérhegyi csatában (1620. november 8.) elbukott.
Bethlen különbékére kényszerült: az 1621-es nikolsburgi békében (1621. december 31. –1622 január 7.) Bethlen lemondott a magyar királyi címről, viszont élete végéig a fejedelemséghez csatolták Szabolcs, Szatmár, Bereg, Borsod, Abaúj, Zemplén és Ugocsa vármegyéket, valamint Bethlen megkapta Oppeln és Ratiborn hercegségeket.
A béke után a soproni országgyűlés érvénytelenítette földadományait, a 7 vármegyének pedig csak a jövedelmeire tarthatott igényt, mivel azok továbbra is a nádori közigazgatás alá tartozónak tartották magukat.
Ezután még kétszer avatkozott be a 30 éves háborúba: 1623-ban a morvaországi Hodoninig jutott, ahol Montenegro seregeit kerítette be. 1626-ban Mansfeld generális seregeivel akart egyesülni, de Drégelypalánknál Wallenstein tábornokkal került szembe, aki az egyesülést akarta megakadályozni. Ütközetre egyikük sem vállalkozott („drégelypalánki szembenézés” 1626. szeptember 30).
1626. november 30-án Bethlen aláírta a westminsteri szerződést (dán, angol, holland Habsburg ellenes szövetség), amelyet házasságkötéssel (Brandenburgi Katalin) is megpecsételt (1622-ben II. Ferdinándtól kosarat kapott annak lánya kezéért).
Bethlen a diplomáciában is sikeres volt: 1624-ben Bécsben, 1626-ban Pozsonyban újította meg II. Ferdinánddal a nikolsburgi békét.
Bethlen utolsó éveit a külpolitikában a lengyel trón megszerzése kötötte le. Vállalkozása nem járt sikerrel, mert az erdélyi nemesség nem vett részt a fejedelem (szerintük) „magánakcióiban”. Belső gondokat jelentettek a fényűző udvartartás kiadásai is. Az ellenzék folyamatosan szervezkedett, amit a fejedelem már nem tudott leverni.
Bethlen néhány év alatt rendbe tette a fejedelemség zilált helyzetét, jól szervezett katonaságot tartott fenn, de uralkodásának második felében felszínre kerültek a fejedelem költséges életmódját bíráló indulatok is.
Bethlen utódjául feleségét, és kormányzóul öccsét, Bethlen Istvánt rendelte. Ők gyorsfutárt küldtek Bécsbe a halálhírrel és azzal a felhívással, hogy a király megkezdheti a 7 vármegye visszacsatolását. A visszacsatolás ellen a hajdúk tiltakoztak, akik Erdélytől várták kiváltságaik megtartását. A fejedelemasszony és a kormányzó azonban nem tett semmit az érdekükben. A kormányzó fia, ifj. Bethlen István és sógora, Zólyomi Dávid viszont a hajdúk segítségére siettek, és 1630. szeptember 9-én Tokajnál szétverték a királyi hadakat.
Ezután már az addig tétovázó Rákóczi György is a mozgalom mellé állt, különösen, hogy a kormányzó Bethlen István is lépéseket tett Rákóczi György fejedelemmé választására.
Erdélyben zavart állapotok voltak: a fejedelemasszony nem volt népszerű, és attól is tartani lehetett, hogy szeretője, a felső-magyarországi Csáky István révén a Királyság kezére játssza Erdélyt. Rákóczi Györgytől a várható kemény kormányzat miatt ódzkodtak. A rendek így sebtében az idősebb Bethlen István tették fejedelemmé. Rákóczi ekkor már Erdélyben volt és nem fordult vissza. Mögötte álltak a hajdúk és az ifj. Bethlen István által felbujtott törökök is.
1630. októberében Tompán fegyverszünetet kötött Bethlen és Rákóczi, Bethlen ígéretet tett Rákóczi fejedelemmé tételére. Rákóczit támogatta a fejedelemasszony is. A törökök nem tudtak dönteni a 2 jelölt közt, így mindkettőjük nevére kiállított fermán érkezett Katalinhoz. Katalin a Rákóczi nevére kiállítottat olvasta fel, így 1630. december 1-én Rákóczi György lett Erdély fejedelme (1630-1648). Brandenburgi Katalin végleg elhagyta Erdélyt, Bethlen pedig birtokaira húzódott vissza.
A hajdúk mozgalma tovább folytatódott. Eszterházy nádor seregei 1631-ben Rakamaznál is vereséget szenvedtek. I. Rákóczi György végül mégis visszaadta a 7 vármegyét, a hajdúknak pedig be kellett érniük a Bocskaitól kapott kiváltságok megújításával.
Rákóczi politikáját egyaránt befolyásolták az erdélyi érdekek és az, hogy egyúttal királysági földesúr is volt egy személyben. Ez a viszony az erdélyi nemesség körében ellenérzést váltott ki. Az ellene szervezkedő Zólyomi Dávidot 1633-ban elfogatta. Zólyomi börtönben halt meg.
Rákóczi a szombatosok török kapcsolataitól tartva azok vezetőit is befogatta. Az erdélyi-török viszony is megromlott, mivel nem volt hajlandó a megemelt adót fizetni, továbbra is a régi összeget folyósította.
A törökök támogatták az id. Bethlen István trónkövetelő akcióját, Rákóczi azonban 1636-ban Nagyszalontánál megfutamította őket.
A kedvező külpolitikai helyzetet (a törökök belső gondokkal küzdöttek, a Habsburgokat lekötötte a 30 éves háború) a fejedelem a belső szilárdsághoz használta fel. Kezdetben a merkantilista politikát folytatta, uralkodása 2. felében már előtérbe helyezte a magánbirtokok
A terveinek jövőjét fia utódlásának elfogadtatásával és annak házasságával (Báthory Zsófia) igyekezett biztosítani. Ez a lengyel-erdélyi-havasalföldi-moldvai koalíció létrehozásának megcélzását is jelentette.
Mivel a 30 éves háború Nyugaton kötötte le a Habsburgokat, I. Rákóczi György kísérletet tett a 7 vármegye visszaszerzésére Magyarországon. 1643-ban a svédekkel, 1645-ben a franciákkal kötött szövetséget.
1644-ben megindult a támadás a Királyság ellen. Sikeres hadakozás után (Felső-Magyarország elfoglalása) Galgócnál azonban vereséget szenvedett Eszterházytól. Ennek ellenére 1645-ben, a linzi békében sikerült megszereznie (életére szólóan) a 7 vármegyét, örökbirtokként Szabolcsot és Szatmárt, és elérte, hogy a vallásszabadságot a parasztokra is kiterjesszék.