Az osztrák kormányzatban politikai irányváltás következett be 1663-64-ben. Az abszolutista államrendszert Hocher kancellár – titkos tanácsos (bürokrácia, diplomácia) Montecuccoli (állandó hadsereg), Becher (gazdaságpolitika) alakították ki. Az udvar barokk fényűzése többe került, mint a végvári katonák éves zsoldja.
Lipótnak ilyen körülmények közt kellett elfogadtatnia a vasvári békét a Királyságban. Ennek érdekében bánná nevezte ki Zrínyi Pétert, rendi kiváltságokat osztogatott vagy erősített meg, azonban nem hívott össze országgyűlést, a kulcspozíciókba híveit ültette. Nem tudott védelmet biztosítani az immár állandósuló török veszéllyel szemben sem. Az érsekújvári és a váradi vilajetek a töröknek új támadási kiindulópontot adtak, és jelentős területtel növelték a Hódoltságot. A határmenti háborúk folytatódtak. A lakosság és a nemesség elkeseredett. Az erőszakos térítések is folytatódtak, mivel sokan a katolicizmusba látták a védelem nagyobb esélyét Lipót részéről.
A válságból kiutat kereső főméltóságok: Wesselényi Ferenc nádor, Nádasdy Ferenc országbíró és Zrínyi Péter horvát bán szövetséget kötöttek. Zrínyi Péter lánya, Ilona a felső-magyarországi I. Rákóczi Ferenccel kötött házasságot.
Tárgyalások folytak I. Apafi Mihály követével, Teleki Mihállyal és a vármegyék követeivel is. Megegyeztek abban, hogy a biztonság és viszonylagos egység megteremtésének egyetlen módja az adóval biztosított nyugalom, egyfajta Erdély-szerű függés a Portától. (1666)
A döntésről Bécsben is tudtak. A Királyság és a Porta közti közvetítést I. Apafi Mihály vállalta. A porta által megteremtett biztonságtól függően évi 20-100.000 aranyat ajánlhatott fel, de ügyelnie kellett, hogy ezt ajándékként, s ne adóként foglalják a szerződésbe.
Bécs tudomást szerzett a követségről, de nem tulajdonítottak neki jelentőséget, ahogyan a vasvári béke biztonságában a Porta sem, amely Kréta szigetének bevételével volt elfoglalva.
Wesselényi (1667) és Lippay György érsek (1666) meghaltak, és bár Wesselényi özvegye, Széchy Mária megtartotta a nádori rezidenciát szervezkedési központnak, valójában nem volt megfelelő utód a továbblépéshez. Nádasdy külön utakat járt, a francia segítség biztosítása is szétfoszlott amikor (1668-ban a franciák békét kötöttek Béccsel.
A szervezkedés súlypontja Zrínyi Péter horvát bán és Frangepán Ferenc gróf (horvát) körül kezdett kialakulni. Segítségükre volt Tattenbach stájerországi vezető is. Felső-Magyarországon I. Rákóczi Ferenc megkötötte a sárospataki egyezményt a protestáns vallásszabadságról (1669), 1670. márciusára pedig országgyűlést hívtak össze.
Zrínyi Péter emlékiratban foglalta össze a királyságiak kívánságait Lipóthoz. A király azonban fegyverrel akart rendet tenni Magyarországon. Zrínyi Péter felkelést hirdetett I. Rákóczi Ferenc felső-magyarországi felkeléséhez azonban nem csatlakozott Kassa, és Apafi sem küldött segítséget, így a nemesek tályai gyűlése a felkelés befejezése mellett döntött.
A király az összeesküvők ellen elfogatási parancsot adott ki, és 1670. augusztus végén a Titkos Tanács halálos ítéletet hozott Zrínyi, Frangepán és Nádasdy ellen. Az ítéleteket 1671. áprilisában hozta meg a bíróság, és a nemzetközi közbenjárás ellenére végre is hajtották azokat. Tattenbach ugyancsak kivégezték. I. Rákóczi Ferenc csak hatalmas összeg árán menekült meg.
1672-ben a Titkos Tanács úgy döntött, hogy a Királyságot szervezetileg is beilleszti a Birodalomba. A jogeljátszás elméletére hivatkozva felfüggesztették az ország alkotmányát, és kormányzóságot (Gubernium) hoztak létre. Élére Ampringent állították, aki az ügyeket politika, hadügy, gazdaság, egyházügy területére osztotta fel.
Az adórendszer nem működött, lehetetlen volt a 10-szeresre növelt adót behajtani, vagy a nemességet adózásra kényszeríteni. Az udvar rendelkezett a végvári katonák elbocsátásáról is (1671). A katonák azonban nem álltak be a császári seregbe, földönfutóvá váltak. Egyre erőszakosabb lett a katolizáció is. A városi tanácsokba, ha nem volt katolikus tagja, a kormányzat telepített katolikus nemest. A céhekbe való felvételt is valláshoz kötötték. A protestáns külföldi államok is tiltakoztak.
A Részekbe menekült bujdosók, katonák és protestánsok 1672-ben betörtek Felső-Magyarországra és elfoglalták Diósgyőrt, Ónodot, Tokajt, Enyiczkénél legyőztek egy császári sereget, ám ezután sem Szepesy Pál, sem Szuhay Mátyás (a vezetők) nem tudta összetartani őket, így a tömeg a katolikusok értelmetlen öldöklésébe kezdett.
Az udvar visszafogadta a katonákat, és a maga oldalára állította a hajdúvárosokat, így októberben Györkénél leverte a felkelőket. Megtorlásul a protestánsok szellemi vezetőit, a lelkészeket fogták perbe. 1672- és 1674 között 730 evangélikus és református lelkészt, tanítót idéztek a pozsonyi bíróságra. A lelkészek választhattak az áttérés vagy a halál közt. 3000-an választották a halált. Mivel ennyi ítéletet nem lehet végrehajtani, gályára küldik, vagy száműzik őket.
Az üldözöttek a Részekben és Erdélyben találtak menedéket, és igyekeztek mind szélesebb támogatottságra lelni a külföldön. Franciaország és Lengyelország támogatta őket, a szerződések azonban nem teljesültek. A francia segéderők megjelenése is csak arra volt jó, hogy a Titkos Tanácsban megszülessen a döntés a katonai leigázásról. 1678 végén lengyel és francia segéderőkkel a bujdosók egy csapata – Thököly vezetésével – elfoglalta Szendrő, Kékkő, Dévény, Murány, Korpona várát, és a bányavárosokat is elfoglalta. Sikereivel a csapatok másik részét irányító főparancsnokot, Teleki Mihályt kibuktatta pozíciójából, és 1680-ban átvette a helyét. 1682-ben Fülek várában a törökök már Thökölyt címezték egész Magyarország királyának, de ő csak a fejedelmi címet fogadta el. 1679-ben fegyverszünetet kötött Béccsel. Országrészében viszonylagos nyugalom honolt.
Thököly sikerei is szerepet játszottak abban, hogy a Királyság beolvasztását célzó kormányzat 1681-re megbukott, így megszűnt a Gubernium is.
1681-ben, 20 év után újra országgyűlést hívtak össze. Ezzel egy időben Apafi parancsot kapott a szultántól a támadásra, de Apafi nem mozdult. Végül mégis kiküldte Telekit, aki Thökölyvel együtt látszatháborút indít, majd gyorsan befejezi a hadműveleteket. A király a szoboszlói fegyverszünetet köti meg Thökölyvel.
Az országgyűlés visszaállította az alkotmányt, kivette az udvari Kamara hatásköre alól a Királyi Kamarát, követet szavatolt a Portára, átalakították az adórendszert. Nádorrá gróf Esterházy Pált, országbíróvá gróf Draskovic Miklóst választották. Szentesítették a vallásszabadságot is. Thököly császári engedéllyel feleségül vehette Zrínyi Ilonát. Thököly ekkor még mind a császárral, mind a Portával egyezkedett, végül a Porta ajánlatát fogadta el. 1682-ben Magyarország királyának címezte a török athnamé. Lipót is elismerte a terület feletti fennhatóságát. Thököly tudott a törökök készülő Magyarország elleni hadjáratáról, s erről már 1682. végén tájékoztatta Bécset is.