Magyarország sorsa lényegében akkor dőlt el, amikor a Habsburgok Bécs alatt vereséget mértek a törökre. A dunai monarchia végleg megszületett. A szabadságharc belső erőkkel indult, és végig meghatározott társadalmi célokért folyt, de a helyzet alakulásába beleszóltak az európai hatalmi viszonyok is.
Az abszolút hatalomra törekvő bécsi udvar adói, a német, vallon, morva katonák erőszakoskodásai még inkább növelték a feszültséget. Országszerte bujdosókkal teltek meg az erdők (főleg Máramarosnál és Zemplén mellett). 1697 nyarára Thököly egykori gyaloghadnagyai, Kis Albert, Tokaji Ferenc és Szalontai György vezetésével bujdosók foglalták el Tokaj és Sárospatak várát, a felkelést azonban a császári erők elfojtották.
Az elkeseredés a nemességen belül is egyre nőtt. Szervezkedésük 1700 végén kezdődött, amikor II. Rákóczi Ferenc és néhány északkelet-magyarországi nemes Lipót uralmának lerázására fogott össze.
II. Rákóczi Ferenc (I. Rákóczi Ferenc és Zrínyi Ilona fia) 1676-ban született Borsiban. Mostohaapja Thököly Imre volt, akinek az oldalán igen sokat tanult. Édesanyja mellett élte meg Munkács ostromát. Prágában tanult, járt Párizsban és a Rajna mellékén, élt Bécsben, és több nyelvet is beszélt. A császár engedélye nélkül kötött házasságot a Hessen-Rheinfelsi herceg lányával, Amália-Saroltával. A hegyaljai felkelés kirobbanásakor elmenekült, nehogy a bécsi udvar gyanúsnak találja. Bécs mégsem hitt a hűségében. Ez a keserű tapasztalat, valamint a felkelés kegyetlen leverése vezette odáig, hogy ősei példáját kövesse. Ebben komoly szerepe volt az ungi főispánnak, gróf Bercsényi Miklósnak is.
A nemesi szervezkedéshez kedvező alkalmat nyújtott az 1701-ben meginduló spanyol örökösödési háború, amelyben Lipót szembekerült a francia királlyal, XIV. Lajossal. Rákóczi pedig segítségért is a francia királyhoz fordult, leveleket írt neki, de a császáriak elfogták a leveleit és letartóztatták Rákóczit. A bécsújhelyi börtönbe zárták, ahonnan hamarosan megszökött. A galíciai Brezán várába menekült, s francia várépítő mérnöknek vallotta magát. Eközben a császári bíróság fej- és jószágvesztésre ítélte.
1702-ben Lipót Magyarországtól nyolc huszár- és négy gyalogezred kiállítását követelte. Az önként jelentkező Esze Tamás (tarpai jobbágy) és Kis Albert a toborzó munkát szervezkedésre használta föl. Amikor el kellett volna indulniuk, ők a beregi hegyekbe húzódtak. Ők és Szalontai György kérték fel Rákóczit arra, hogy álljon az elkeseredett tiszaháti parasztság élére (1703 áprilisa).
Rákóczi elvállalta a rábízott feladatot. Brezánban kelt kiadványában harcba szólította a Habsburgok ellen az ország valamennyi lakosát. A tiszaháti bujdosók követeinek átadta a „Cum Deo pro patria et libertate” (Istennel a hazáért és a szabadságért) feliratú piros selyemzászlaját, amely a szabadságharcot végigkísért, mint jelkép. 1703 májusában megkezdődött tehát a tiszaháti felkelés.
Rákóczi a kiáltványában rögzítette, hogy a harc célja „a törvénytelen és szenvedhetetlen iga alól” felszabadítani az országot. Fegyverbe hívta a nemeseket is, de kezdetben a jobbágyok kizsákmányolással és hazaárulással vádolták azokat, ezért többször feldúlták, felégették a nemesek udvarházait, jószágait. A tiszaháti felkelők Dolhánál tartottak pihenőt, ahol Károlyi Sándor, szatmári főispán, szétverte őket. A fölkelők Esze Tamás vezetésével a hegyekbe menekültek. Egy héttel később találkoztak Rákóczival a lengyel határon (1703. június 14-én). A találkozás azonban mindkét fél számára csalódást hozott. A felkelők arra számítottak, hogy Rákóczi katonákkal érkezik, míg Rákóczi elégedetlen volt az összeverődött sereg felszereltségével. Rákóczi mégis vállalta a vezér szerepét, és június 16-án, Vereckénél, Magyarország területére lépett.
Rákóczi serege folyamatosan gyarapodott. Bercsényi hat század, francia pénzen toborzott lengyel lovas és gyalogos katonával tért haza. Az első katonai sikereket a Tiszántúl elfoglalásával aratták. Júliusban már több ezer főre duzzadt paraszthaddal keltek át a Tiszán, s csatlakozásra szólították fel a nemeseket. A sikerek hatására a nemesek egy része és a hajdúvárosok Rákóczi hűségére esküdtek. Közöttük volt a Bécsben mellőzött Károlyi Sándor báró is. 1703 októberére a Duna-Tisza köze és a Felvidék jelentős része Rákóczi kezére került.
XIV. Lajos elismerte Rákóczit az erdélyi trón jogos örökösének, harcát pedig havi 10 ezer tallérral támogatta. Decemberben a kurucok bevonultak Lőcsére. Károlyi Sándor átkelt a Morván, s rohammal bevette a Bécs védelmére épült sáncokat. Átkeltek a Duna jegén, és megkezdték a Dunántúl meghódítását. Amikor egyes csapatok már Bécs alá jutottak, azt tervezgették, hogy egyesülnek a francia hadakkal, akik azonban súlyos vereséget szenvedtek a Savoyai Jenő vezette császári seregtől Höchstädtnél (1704-ben). Lipót így több katonát el tudott vonni a nyugati frontról, s 1704 végén vereséget mért a kurucokra Nagyszombat mellett.
Rákóczi a jobbágyok sorsának rendezése és a nemzeti összefogás erősítése érdekében országos érvénnyel szabályozta a jobbágykérdést. A vetési pátenssel a hadba vonulókat és azok családját mentesítette a közterhek és a földesúri terhek alól. A nem katonáskodókat csupán a mértéken felüli terheléstől óvta, szem előtt kellett ugyanis tartania a nemesség érdekeit is.
A jobbágyság katonai ereje mindvégig csekély maradt. A legmegbízhatóbb társadalmi bázis a vitézlő rend lett. A társadalmi egyensúlyt egészen az első nagy csataveszésig sikerült is fenntartani. Erre 1708-ban, Trecsénben került sor. A szabadságharchoz a magyarországi nemzetiségek nagy része is csatlakozott (ruszin jobbágyok, szlovák parasztok, erdélyi románok, valamint a szászok kivételével a magyarországi németség). Szinte az egész ország a nemzeti ügy mellé állt (talán a kivételt csak Székesfehérvár, Sopron és Pozsony jelentette).
Az 1705-ös esztendő legjelentősebb politikai eseménye a Szécsényben tartott ország-gyűlés volt. Itt kellett megteremteni a független magyar államszervezetet. Rákóczi már az 1704-es konföderációban megjelölte az államformát. Őt Szécsényben vezérlő fejedelemmé választották a rendek, s mellé egy tanácsadó testületet (szenátust) jelöltek ki, mint tanácsadót. A szenátus 24 fős testületet jelentett, amelynek vezetője Bercsényi lett. Az országgyűlés jóváhagyásával Rákóczi tejhatalommal intézhette a katonai- és pénzügyeket. A szenátus pedig a belpolitikával foglalkozott. A kuruc állam tehát a fejedelmi hatalom és a rendi állam között átmenetet jelentett: nemzeti abszolutizmus volt.
Az országgyűlés követelte a Habsburgoktól a szabad királyválasztást, az önálló erdélyi fejedelemség visszaállítását. Azt szerették volna elérni, hogy Anglia és Hollandia garantálja a Habsburgokkal kötendő békét és Erdély függetlenségét.
I. Lipót 1705 májusában meghalt. Utódja, I. Ferenc kiáltványban fordult az országhoz, s közölte, hogy a sérelmeket megérti, ugyanakkor megtorlással is fenyegetett. Képviselői angol és holland közvetítők segítségével tárgyalásokat kezdett a fejedelemmel. Mivel Rákóczi a megállapodást az erdélyi fejedelmi szék elfoglalásához kötötte, az egyezség elmaradt.
1705 végén a kuruc sereg a zsibói szorosban vereséget szenvedett. Erdély császári kézre került. A Bottyán János vezetésével indult dunántúli offenzíva viszont tartós sikereket hozott. Dunaföldvártól Fehérváron, Simontornyán át Kőszegig, Sopronig felszabadult az országrész. Fontos szerepe volt ebben a Béri Balogh Ádám és Bezerédj Imre vezette katonáknak. Az 1706-os őszi hadjárat során Erdélyből is kiverték a császáriakat, a nyugatról támadó erőket visszaszorították.
Rákóczi gazdaságpolitikája a szabadságharc szolgálatában állt. A hadak fegyverrel, élelemmel és fölszereléssel való ellátása azonban nehéz feladatnak bizonyult. Az élelmezés könnyítésére Rákóczi ún. tárházakat állított fel. Felismerte, hogy a manufaktúrákat kell elterjeszteni az országban. A fejedelem ösztönözte a vashámor-tulajdonosokat, támogatta a kézműveseket. Modern tisztviselő szervezetet alakított ki, amely számba vette az ország lehetséges erőforrásait. Terveket dolgoztatott ki az ipar és kereskedelem átfogó fejélesztésére. A legnagyobb gondot azonban a pénzügyi fedezet hiánya jelentette. Kezdetben Rákóczi nem akart adót kivetni, hisz éppen ez vezetett az elégedetlenséghez annak idején. A bányák, vámok, fejedelmi birtokok jövedelme azonban kevésnek bizonyult. A francia segélypénz a külföldi fegyvervásárlásra kellett, így végül a fejedelme rézpénzt veretett. A később alkalmazott általános adórendszer azonos elv szerint terhelt mindenkit.
A kuruc hadsereg katonai tapasztalatokkal rendelkező magját Thököly egykori katonái alkották, valamint a törökverő végvári tisztek és a császári seregből átállt katonák is ide tartoztak. Az idegen zsoldosok kevesen voltak, bár az ő katonai tudásuk is számottevő volt. A kuruc sereg kezdetben 70000 főt jelentett, de a hanyatló években már csak 30000 katonát tudtak felmutatni. A hadsereg lovasságra és gyalogságra tagolódott. A tüzérség is jellemző volt. A kiképzés szempontjából az ezredek irreguláris (mezei) és reguláris (hivatásos) hadakra oszlottak. A portyázó, könnyűlovas harcmodor maradt jellemző a harcok alatt, amely jó volt arra, hogy a császáriakat nyugtalanítsa, de a legtöbb összeütközés során a kurucok vereséget szenvedtek a szervezett erőkkel szemben.
A nemesi vezetés is mindvégig érvényesült, Rákóczi 26 tábornoka között 8 gróf, 7 báró és 10 birtokos nemes volt. Birtoktalan nemes családból származott Vak Bottyán János, nem nemesi származású volt Esze Tamás és Czelder Orbán.
1707-re csaknem az egész ország a kurucok kezén volt. Áprilisban a marosvásárhelyi országgyűlés Rákóczit az erdélyi fejedelmi székbe is beiktatta.
1707 májusában az ónodi országgyűlés rendelkezett több belüggyel kapcsolatosan is. Ekkor iktatták törvénybe az általános adóztatást. Itt használta először Rákóczi a „köztereh” kifejezést. Sor került a Habsburg-ház trónfosztására is. Rákóczi pedig tájékoztatta a kor Európáját arról, hogy Magyarország uralkodói széke üres. A várt francia-magyar szövetség azonban nem születhetett meg. A fejedelem továbbá lemondhatott a svéd, és lengyel támogatásról is. Egyedül az orosz cárhoz fordulhattunk segítségért. Nagy Péter cár Varsóban szerződést kötött Rákóczival, de a helyzet hamarosan megváltozott, ugyanis a cár figyelme a Balti- és a Fekete-tenger felé fordult.
Rákóczi a szabadságharc eredményeinek megmentésére egy igen komoly tervet dolgozott ki: egy sziléziai-morva-magyar konföderáció létrehozását. Királyjelöltként a porosz trónörökös szerepelt a terveiben. A 15 ezres fős kuruc hadsereg azonban súlyos vereséget szenvedett Trecsén térségében (1708-ban).
1708 után a szabadságharc állandó védekezésre szorítkozott. A háború kimerítette az ország anyagi és erkölcsi erejét. Megkezdődtek az átállások, a szökések. A nemzeti összefogás bomlani kezdett. A hadak eltartása kimerítette az ország anyagi erejét. A pestis is megjelent, és többen belehaltak, pl. Bottyán tábornok is. Esze Tamás meghalt, Béri Balogh Ádámot pedig kivégezték.
Az utolsó jelentős csatát Romhánynál vívták 1710 januárjában. A küzdelem oda szorult vissza, ahonnan 1703-ban elindult. Egyre többen felismerték, hogy az egyetlen lehetőség az, hogy a bécsi udvarral megegyezzenek.
Rákóczi 1711 elején tejhatalmat adott Károlyi Sándornak, és a béketárgyalások vezetését is rábízta. Ez után ő Lengyelországba ment, hogy az orosz cárral tárgyaljon. Károlyi tudomásul vette az udvar kedvező ajánlatát, s hűséget fogadott a cárnak. Az udvar közvetítője Pálffy János volt, aki 1710 ősze óta a császári erők magyarországi parancsnoka volt.
A szatmári országgyűlésen a résztvevők elfogadták a békefeltételeket. A fölkelők kegyelemben részesültek abban az esetben, ha hűséget esküdnek a királynak. Elnyert kiváltságaikat is megtarthatták. Az udvar megígérte, hogy tiszteletben tartja Magyarország és Erdély alkotmányát. Rákóczi eközben meggondolta magát, s a harc folytatására szólította fel a népet. Az eseményeket azonban már nem lehetett megállítani, és a csapatok képtelenek voltak a védekezésre. Rákóczi reményeit a nem várt külső és belső problémák döntötték halomra.
A kuruc hadsereg megszűnésére április 30-án került sor. A majtényi síkon tették le a résztvevők a fegyvert. Hadijelvényeiktől megfosztották őket. Nagykárolyban pedig a nemesek képviselői aláírták a szatmári béke néven ismert egyezményt. A bécsi udvar menedéket kínált Rákóczinak és a szabadságharc másik öt fő vezetőjének, ők azonban a száműzetést választották.
A szatmári béke kompromisszum volt az udvari abszolutizmus és a magyar-rendi-nemzeti erők között. Függetlenségünket nem tudtuk ugyan kivívni, a birodalmon belüli rendi különállást elnyertük. Az egyezmény több lehetőséget is kínált a nemzeti fejlődéshez, ez azonban a polgári átalakulás kibontakozásához szűknek bizonyult. Tanult azonban az udvar is, a földbirtokosok egy szűk rétegét bevonták a kormányba.
A Rákóczi szabadságharcot több tényező is befolyásolta kezdve a spanyol örökösödési háborútól a lehetséges szövetségesként fellépő Svédországon ás az orosz kapcsolatokig. Az európai helyzet nagyban befolyásolta a harcok menetét, és az vezetett el a bukásáig is. Rákóczi abban reménykedett mindvégig, hogy sikerül olyan szövetségest találnia, aki támogatja a magyarok törekvéseit. Ez azonban nem sikerült neki. A szabadságharc pedig elbukott.