I. Rákóczi György halála (1648) után kisebbik fia, Zsigmond és felesége, Lorántffy Zsuzsanna a királyságban lévő birtokaikra költöztek, központjuk Sárospatak lett. Zsigmond királysági főúrként nagy befolyással rendelkezett az országgyűlésben, és ő segítette elő 1649-ben Pálffy Pál nádorrá választását is.
Miután III. Fedinánd újabb békét kötött a törökkel 1650-ben a kiábrándult főurak Zsigmonddal léptek kapcsolatba. Zsigmond és fivére, az erdélyi fejedelem II. Rákóczi György törökellenes támadásokat sürgettek, III. Ferdinánd azonban kínos helyzetbe hozta Györgyöt azzal, hogy terveit beárulta a Portán. A királysági főurak Habsburg-ellenes összeesküvést terveztek Rákóczi Zsigmonddal az élen, támogatta őket Pálffy Pál nádor is, és Zsigmond felesége, Henrietta (Pfalzi révén külső segítségre is lehetett számítani). A terveket Zsigmond és Henriette halála húzta keresztül.
Nem sokkal később meghalt Pálffy is (1653). A politika irányítása Zrínyi Miklós kezébe került. Ő II. Rákóczi György trónra ültetésével képzelte el az ország jövőjét, a portának alárendelt, vazallusi helyzetben. Elképzeléseit György meghiúsult lengyelországi hadjárata miatt vetette el.
II. Rákóczi György hatalomra jutásakor (1648) a kozák-lengyel ellentét is kiújult. A Bogdan Hmelnyickij vezette kozákok 1650-ben lerohanták Moldvát, azzal az ürüggyel, hogy a román vajdaságok elzárkóztak a megsegítésüktől. Valójában szükségük volt a vajdaságra, hogy Lengyelország hátába kerüljenek. A helyiek népfölkeléssel válaszoltak Lupu vajdának távoznia kellett. Helyére a II. Rákóczi Györgyhöz feltétlenül hű Stefan Georghe került.
1655-ben György a havasalföldi vajdát is hűbéresévé tette. (Serban Konstatin)
1656. szeptember 7-én Hmelnyickij György és a két román vajda Gyulafehérvárott lengyelellenes szövetséget kötött. II. Rákóczi György számára ismét előtérbe került a lengyel korona megszerzésének lehetősége (1648-ban, IV. Ulászló lengyel király halálakor a Rákócziak jelölése szóba sem került, pedig I. Rákóczi György nagy remény fűzött fia, Zsigmond lengyel királyságához) II. Rákóczi György kihasználta a kedvező lehetőség, hogy az amúgy is legyengült Lengyelországot 1655-ben a svédek is megtámadták. A kezdeti svéd sikerek után Dánia és Oroszország a svédek ellenében bekapcsolódott a harcba. X. Károly katonai támogatást kért Erdélytől, aminek fejében Györgyöt lengyel királlyá tette volna.
II. Rákóczi György anyja, Lorántffy Zsuzsanna ellenezte a hadjáratot. György nem törődött anyja ellenérveivel. A lengyel hadjárat a gazdasági érdekeket is szolgálta: a svéd vagy orosz fennhatóság elzárta volna a hagyományos kereskedelmet Erdély számára. A Posta katonailag nem támogatta a vállalkozást, de siker esetén tudomásul vették volna a területi növekedést.
Lengyel hadjárat sikertelensége:
II. Rákóczi György a hadjárat előtt, 1657. januárjában Visken Barcsay Ákost, Rhédey Ferencet, és Serédy Istvánt nevezte ki helytartóvá távollétének idejére. Már január végén Köprülü Mohamed nagyvezír visszarendelte az erdélyi csapatokat, mert nem volt hajlandó eltűrni semmilyen mozgolódást a határokon, s nem nézték jó szemmel a Habsburg-ellenes távlati terveket sem. György viszont nem rendelkezett friss hírekkel a postai változásokról, így nem vette komolyan a parancsot júniusban bevonult Varsóba. A svédek azonban visszavonultak (dán támadás), a kozákok is visszaléptek a harctól, így György júliusban kénytelen volt megalázó békét kérni. Rákóczi visszatért Erdélybe, a Kemény János vezette 20000 fős cserbenhagyott sereg pedig tatár fogságba esett.
A Porta felszólította Erdélyt a Rákócziakkal való szakításra, azok azonban megígérték Györgynek, hogy ha a Porta is úgy akarja elismerik fejedelemnek. 1657. novemberben azonban török nyomásra Rhédey Ferencet választották új fejedelemnek.
Rákóczi azonban a részekbeli hajdúk, és a székelyek segítségével elérte, hogy Várad ne hódoljon be Rhédeynek, majd meghiúsította fölesketését, és 1658-as betörésével visszafogadását is kicsikarta. I. Lipóttól azonban hiába kért segítséget: Lipót török békére törekedett, és számolt azzal is, hogy György bukásával Szabolcs és Szatmár is visszakerül Bécshez.
Köprülü Mohamed maga jött rendet teremteni. Elűzte a Rákóczihoz hű vajdákat, feldúlta Szebent és Brassót, a fejedelmi sírokat Gyulafehérvárott, és felégette a fejedelmi palotát.
György hősiesen védekezett, a Gyula és Arad közti csatákban elesett az egri és az esztergomi pasa is. Végül mégis kénytelen volt átadni Jenő várát a törököknek.
A harcok alatt a rendek Déva várába húzódtak, tárgyaltak Erdély helyzetének megmentéséről. Köprülü Mohamed a jenei táborba hívta őket, hogy fejedelemmé tehesse Barcsay Ákost. Barcsay békét akart, a rendek azonban megbízhatatlannak tartották.
1658. szeptemberben Barcsay Ákos elfogadta a fejedelmi címet, cserébe beleegyezett a hadisarcba (500.000,- Ft) és az évi 40.000 Ft-os adóba, valamint ígéretet tett Lugos és Karánsebes várának átadására, Rákóczi és a vajdák elfogatására. A segesvári országgyűlés (október) kénytelen volt elfogadni Barcsay Ákos fejedelemségét.
1659. márciusában II. Rákóczi György Barcsay javára lemondott a fejedelemségről, de nem vonult vissza: Szabolcsban, Szatmárban és birtokain folytatta a fegyverkezést. Népszerűsége a Királyságban emelkedett. A fegyverkezésben az erdélyi székelyekre is számíthatott, akik a rájuk rótt portai hadisarc miatt tömegesen vonultak Rákóczi táborába.
Rákóczi 1659. augusztus végén megütközött Barcsay Ákos hadaival Garbón. Barcsay a törökhöz fordult, de míg ő távol volt, Rákóczi meghódoltatta Erdélyt, így Barcsay behozatala a török által nem járt sikerrel. Barcsay Ákos Szebenbe vonult vissza. Rákóczi ostrom alá vette a várat, majd 1660 tavaszán felhagyott vele és a budai pasa ellen indult. Május 22-én Szászfenesnél azonban csatát veszített, s néhány nap múlva sérüléseibe belehalt.