A reformáció már a kialakulását követő években II. Lajos német felesége, Habsburg Mária és német kegyencei által begyűrűzött Magyarországra is. A királynak is rokonszervezett az új tanokkal. A köznemesség azonban, a német folyás erősödésétől tartva 1525-ben törvényt hozott a lutheránus papok üldözéséről. A helyzetet a mohácsi katasztrófa változtatta meg. Az összeomlás után sok fő- és köznemes kénytelen volt átértékelni helyzetét, és a Habsburgokkal való szembehelyezkedés egyik legjobb eszköze a vallási szembenállás volt. Könnyítette a helyzetet, hogy a főpapság java a csatamezőn maradt.
Az 1530-as évre már sok nemes vette fel a reformáció evangélista vallását. a teológusok közül is sokan csatlakoztak. Népszerű volt az új irányzat az obszerváns ferencesek körében is. Ferences volt az új hitet felvállaló Dévai Bíró Mátyás is, aki wittenbergi útja során ismerkedett meg Lutherrel és nézeteivel. Hazatérve Kassán prédikált. Mind Ferdinánd, mind Szapolyai elfogatta, de kiszabadulása után a Nádasdy, Batthyány, Perényi, Drágffy családok támogatásával folytatta tevékenységét.
Dévai írta az első magyar ábécéskönyvet is. Szintén Wittenbergben tanult Sylveszter János, aki az Újszövetséget fordította magyarra, Ozorai Imre, aki a lutheránusokat védelmező, magyar nyelvű vitairatot készítette, Gálszécsi István, aki az első lutheránus énekeskönyvet állította össze, illetve Farkas András, aki verses krónikát írt. az erdélyi reformáció nagy alakja Honterus János, aki nyomdát alapított Brassóban, és kidolgozta a szász evangélikus egyház alapelveit (a szászok szebeni gyűlése 1545-ben fogadta el).
Ismert prédikátorok voltak Szkhárosi Horváth András (Tállya), Sztárai Mihály (Dunántúl) is. 1549-ben Eperjes, Kassa, Lőcse, Bártfa és Kisszeben képviselői Stöcker Lénárd vezetésével megalkották az „Ötvárosi hitvallást”, amelyet 1558-ban nemcsak Ferdinánd, de Verancsics Antal és Oláh Miklós (egri püspök, esztergomi érsek) is jóváhagyott.
A lutheránus vallás széles körben elterjedt. A szász származású, magyarrá lett Heltai Gáspár Kolozsvárott alapított nyomdát, és itt jelentette meg Biblia fordításainak részleteit.
Erdélyben 1554-ben alakult meg a magyar lutheránus egyház, egy tamás nevű volt szerzetes vezetésével. Az első magyarországi evangélikus egyházmegyét (Temesvár-Arad-Makó-Szeged környéke) Petrovics Péter szervezte meg 1549-ben. Szabolcs, Szatmár, Szilágy, Ugocsa vármegyékben a Perényi és Drágffy családok szervezésében alakult a második egyházmegye 1555-ben.
Eddigre már Magyarországon is terjedt a reformáció kálvinista irányzata. Első jelentős magyar képviselői eredetileg lutheránusok voltak, de áttértek a kálvinista vallásra.: Kálmáncsehi Sánta Márton és Szegedi Kis István. Az első kálvinista szervezetet Kálmáncsehi alapította 1556-ban. Az egyház püspöke ő maga lett, debreceni székhellyel. Debrecent kálvinista központtá Szegedi Kis István tanítványa, Kálmáncsehi utóda, Méliusz Juhász Péter változtatta.
Erdélyben is jelentősen terjedt a református vallás. 1560-ban az erdélyi románok egyházat is alapítottak Méliusz nemcsak a katolikus dogmákkal, hanem az egyre jobban teret nyerő Miguel Serveto által alapított irányzással is (antitrinitáriusok) szembehelyezkedett. Az irányzatot szinte egész Európában üldözték. Az erdélyi János Zsigmond azonban pártfogásába vette őket, udvari orvosa és tanácsosa, Giorgio Blandrata hatására. Az antitrinitárius eszmék az eredetileg katolikus, majd lutheránus, később kálvinista Dávid Ferencet is hatalmukba kerítették. Követői a királyi Magyarországon is térítő munkába fogtak, itt azonban továbbra is üldözték őket. Biztonságban voltak viszont Erdélyben, ahol az 1568-as tordai országgyűlés immár nemcsak a lutheránus, majd kálvinista, de az unitárius egyház eszméit is elfogadta és a katolikus egyházzal együtt a 4 bevett vallás közé sorolta.
Erdélyben alakult ki a reformáció egy új ága, a szombatosoké, amely az Újszövetséggel szemben az Ószövetséget helyezte előtérbe. A tanítás alapja a Heidelbergből Erdélybe menekült Griliustól származik, fő terjesztője Eössi András. Az irányzat a mózesi törvényeket helyezi a központba, megtartja a zsidó ünnepeket és az Úr napjának nem vasárnapot, hanem a szombatot tartja. Eössi halála után a hitet vallók élére fogadott fia Péchi Simon került (később Báthori Zsigmond és Bocskai titkára, Bethlen pedig kancellárrá nevezte ki). Dávid Ferenc is végül szombatosként halt meg Báthory Zsigmond szolgálatában.
Az 1560-as években a reformáció hívei sorra rendezték zsinataikat. Ezeken maguk a prédikátorok egy része sem tudott maradéktalanul egy vallás mögé állni. a katolikus dogmák még mindig befolyással bírtak, de nyomást gyakoroltak a református és unitárius tételek is.
A református egyház dogmáit az 1567-es debreceni zsinaton Méliusz fektette le 74 cikkelyben, és elfogadták a Kánonoskönyvet is.
1566-ban a tordai zsinat az unitárius hitelveket fektette le Dávid Ferenc vezetésével.
Az új felekezetek hangsúlyt fektettek az oktatásra. Létrejött a debreceni majd a sárospataki kollégium (református), Erdélyben pedig (hol unitárius, hol református irányítással) Gyulafehérvárott, Kolozsvárott, Váradon és Tolnán jöttek létre iskolák. az oktatás könyvigényének növekedésével párhuzamosan egyre több nyomda is működött.
A reformációs törekvésekkel egyidejűleg a katolikus megújulás is felerősödött. Több magyar pap is részt vett a tridenti zsinaton (1545-48, 1551-52, 1562-63). A zsinat határozatainak betartása főleg a jezsuiták megtelepedése után sikerült. A kolozsvári jezsuita iskolában nevelkedett. Pázmány Péter is. 1588-ban a medgyesi országgyűlés kitiltotta a jezusitákat Erdélyből (Báthory Zsigmond visszaengedte őket, de újra kitiltja az országgyűlés) Sellyén alapítanak gimnáziumot. 1606-ban,a bécsi béke kitiltja őket az országból.
Az első teljes, magyar nyelvű Bibliát Károli Gáspár gönci lelkész készítette el (vizsolyi biblia).