A Német-római Császárság és a pápaság kapcsolatában a vallási és a hatalmi ügyek bonyolult szövevényt alkottak. Ha a pápa a császár megbízható támasza, akkor a császár hatásosabban tud fellépni saját hűbéreseivel szemben. A pápa akkor tölthette be igazán a császártól nekiszánt szerepet, ha erős és tekintélyes volt.
Ezért vette pártfogásába III. Henrik császár az egyházon belüli reformmozgalmat, amely a pápai hatalom megszilárdítását és az egyházon belüli anarchia felszámolását célozta.
A IX-X. században az egyház elvilágiasodott a pápai méltóság a világi főurak hatalmi versengésének eszköze lett. az egyes országok főpapjai feudális hűbérurakként éltek. Mindez gyengítette az egyház hitbeli tekintélyét. Az egyházat megújító mozgalom a burgundiai Cluny bencés kolostorából indult ki a X. században. A mozgalom célja kezdetben a kolostorok mentesítése volt a világi főurak befolyásától. a Cluny hamarosan európai méretű szervezet és a kolostorok kongregációjának központja lett.
A XII. században már 2000 kolostort irányított. Önmagát közvetlenül a pápa védelme alá helyezte. Megszigorította a kolostorok belső rendjét, s újra megnövelte tekintélyüket a hívők előtt. A szerzetesi reformmozgalom hamarosan túlnőtt a kolostori kereteken. Most a cél az egész egyház megújítása volt.
Legfontosabb, hogy a főpapok kinevezésének, az invesztitúrának a joga a pápáé legyen. A pápaság és a császárság hosszú küzdelme VII. Gergely pápa (1073-1085) és IV. Henrik (1056-1106) összecsapásával indult meg. Az 1075-ös zsinat megtiltotta az invesztitúrát a fejedelmeknek. IV. Henrik nem mondhatott le erről hatalma csorbítása nélkül, ezért támadást intézet a pápa ellen. VII. Gergely kiátkozással válaszolt. IV. Henrik Canossa várában nyert feloldozást a pápától, de utána hosszú háborúskodás indult meg. A pápák és császárok hatalmi harcában rövid szünetet jelentett az 1122-es Wormsi konkordátum. Eszerint az egyházi invesztitúrát (a gyűrű és a pásztorbot átadását) a császár átengedte a pápának. A kiújuló harcok egyre inkább feltárták a császári hatalom gyengeségét: A németországi főurak akkor fordultak szembe a császárral, amikor akartak. Ezt kihasználva győzték le a pápák a legendás Barbarossa Frigyes (1152-1190) és II. Frigyest (1215-1250). A másfél évszázados harc a pápaság javára dőlt el.