Alakjuk hengerforma, méretük a baktériumhoz hasonló, számuk különböző lehet, pl. ostoros egysejtűekben csak egy, emlősállatok májsejtjeiben akár több ezer is lehet. A terminális oxidáció és a citromsavciklus is a mitokondriumokban játszódik le. A mitokondriumokat egy külső membrán választja el a sejtplazmától, ezen belül a belső membrán található, ami benyúlik a mitokondrium plazma állományába. Az eukarióta sejtekben a mitokondrium végzi a szénhidrátok felépítését és lebontását is.