A Budát elfoglaló török hatalom – helyzetének biztosítására – egyre nagyobb éket hasított ki az országból. A terjeszkedés elleni harc a végvári hálózatra várt. A harci tapasztalatok szerint a megfelelően megépített és felszerelt várak, a jól vezetett védelem alkalmasak voltak a török hódítás megállítására vagy legalább lelassítására. A várháborúk a hazaszeretetnek és a katonai helytállásnak fényes példáit írták történelmünkbe. 1552-ben Eger védelme parancsolt megálljt a hódításoknak. Szigetvár 1566-os ostroma Zrínyi Miklós vezetésével – a vár eleste dacára – lefékezte a Szultáni hadsereg támadását. Szigetvár ostroma után évtizedekig nem indult nagy török támadás. Az 1568-as drinápolyi béke a fennálló helyzetet rögzítette. A hadvezetés pár ezer szpáhival (lovas katona) rendelkezett, akik szolgálataik fejében földesúri járandóságot kaptak. A meghódított területek egy része szultáni birtok lett, amelynek lakói közvetlenül a szultánnak adóztak. A többi terület bevételei a szpáhikat illették. A járandóságokért az egész közösség felelt, a távollévők vagy menekültek helyett is. A törökök adózási törvényeiket lehetőleg a meghódított országok jogszokásaihoz igazították, például: a szultánnak fizetett 50 akcse megfelelt a rendkívüli hadiadó értékének. Különösen megterhelő volt az állami robot. Mivel a török hódítás hazánk területén elakadt, nem sikerült úgy bekebeleznie a megszállt vidékeket, mint a Balkánon. Ezért nem folyt szervezett török betelepítés. A megszállt területek népe megőrizte magyarságát, s megmaradt a királyi Magyarországgal és Erdéllyel való egység gondolata, mely gondolat fennmaradásában nagy szerepe volt a protestáns és katolikus egyháznak. A magyar birtokos nemesség egyetlen pillanatra sem nyugodott bele földjeinek és jövedelmeinek elvesztésébe. Ha katonai ellentámadásra nem is nyílt módja, jogait igyekezett érvényesíteni az elszakadt területeken. A magyar adóztatás soha nem szűnt meg a hódoltság területén. Így kialakult egy kétféle adózó sáv, melynek létét a török is kénytelen volt tudomásul venni. A XVII. század elejétől a magyar vármegyék egyre hatékonyabb szervezetet építettek ki a hódoltságban. A vármegyék az ő révükön szereztek tudomást az ott történtekről. Sikerült elérni, hogy a magyar lakósság ne forduljon ügyeivel a török hatóságokhoz.