Az 1606. évi bécsi béke a magyar rendek megerősödését hozta. 1608-ban – II. Mátyás megválasztása érdekében – szövetségre léptek az osztrák és morva rendekkel. Mátyás az egész birodalom támogatásával az elmebeteg Rudolfot a maga javára lemondatta a magyar koronáról és az osztrák örökös tartományokról. II. Mátyás nagy árat fizetett a győzelemért, le kellet ugyanis mondania a központosítás sok eredményéről. Az 1608. évi törvények megerősítették a bécsi békét. Az uralkodó helyettesítését teljes jogkörrel a nádorra bízták. Amíg a magyar rendek egységesen léptek fel Béccsel szemben, addig Erdély politikai érdekének megítélésében különböző álláspontra helyezkedtek. Báthori Gábor fejedelemsége alkalmat adott, hogy beavatkozzanak Erdély zavaros belpolitikai életébe. Bocskai halála után Rákóczi Zsigmond, majd Báthori Gábor lett Erdély fejedelme, akit botrányos élete és kalandor politikája miatt a Porta mellőzött, és Bethlen Gábort nevezte ki Erdély fejedelmévé. A száműzött fejedelmet Váradon megölték. Bethlen célja az ország egyesítése volt a törököktől való függés fenntartása mellett. Fő feladatának a belső rend megteremtését tekintette. Rendezte a szászokkal való viszonyt, ezzel megszilárdította a három nemzet unióját. Csökkentette az országgyűlések számát, gyakorlatilag szabadon alakította összetételét. Ugyanakkor a rendi szervek megmaradtak, de alig korlátozták a fejedelmi hatalmat. Anyagiakban is függetlenítette magát a rendi erőforrásoktól. A kincstári javak visszaszerzésére törekedett, ezzel a főurakat középnemesi szintre sűlyesztette. Szabályozta az állami adóztatást. A kereskedelem fejedelmi monopólium lett. A szarvasmarhával, mézzel, vassal, sóval, higannyal való kereskedés joga csak a fejedelmet illette meg. Bethlen igyekezett betörni az itáliai piacra, sőt a svédekkel közösen tervezte az európai rézpiac meghódítását. Az iparfejlesztést külföldiek behívásával támogatta. Nem beszélhetünk Bethlen Gáborral kapcsolatban fejedelmi merkantilizmusról, ugyanis az iparcikkellátásban nagy hiányok mutatkoztak. A jövedelmek jelentős hányada nyersanyagok vagy félkésztermékek forgalmából származott. Bethlen Gábor intézkedéseivel korlátlan fejedelmi hatalmat épített ki, szilárd gazdasági alappal, jól fizetett fegyelmezett hadsereggel. Uralkodás kedvezően hatott a társadalom egészére. Külső támadás nem érte megszűntek a belpolitikai küzdelmek. Jövedelméből jelentős összeget fordított kultúrális célokra. A tehetséges jobbágyfiatalokat támogatta, külföldi egyetemen tanulhattak. Gyors és határozott intézkedései voltak, s képes volt a nemzetközi politikába is beleszólni. külpolitikájában a török bizalmát igyekezett megnyerni, felvette a kapcsolatot a román vajdákkal. 1618-ban, amikor a cseh rendek Prágában Habsburg-ellenes felkelést robbantottak ki, Bethlen nemzetközi szövetség tagjaként indult II. Ferdinánd ellen. Hadai csekély ellenállásba ütköztek a királyi Mo. területén. A magyar főurak örömmel fogadták, de katonai segítséget nem adtak. Az egyesült cseh, morva és erdélyi hadsereg Bécs ostromára készülődött. 1620-ban a besztercebányai ogy. királlyá választotta Bethlen Gábort, Ő azonban nem látta biztosítva helyzetét sem a török, sem a magyar rendek oldaláról, így nem koronáztatta meg magát. A csehek fehérhegyi veresége után a magyar rendek sietve visszatértek a király mellé. Így Bethlen békekötésre kényszerült. 1621-ben Nikolsburgban kedvező feltételekkel kötött békét. Bethlen lemondott az általa megszállt területekről és a királyi címről. Megkapott két sziléziai hercegséget, valamint hét felső-mo.-i vármegyét. Ferdinánd ugyanakkor az 1606. évi bécsi béke és az 1608. évi törvények megtartására kötelezte magát. Bethlen utóda I. Rákóczi György megfontolt megbízható politikus volt. Fejedelmi hatalmát magánbirtokaira alapozta, jó gazda módjára irányította az ország ügyeit. 1643-ban a svédekkel szövetkezve a Habsburgok ellen kapcsolódott be a 30 éve háborúba. 1645-ben az erdélyi hadak Nagyszombatot elfoglalva folytatták az előrenyomulást, s Brünn-nél egyesültek a svéd sereggel. Rákóczi azt a hadjáratot csak egy kedvező béketárgyalás nyomatékának szánta, tovább nem folytatta. Az 1645. évi linzi béke megerősítette az 1606-os bécsi békét, s a hét vármegyét ismét Erdélyhez csatolta, sőt a protestánsok vallásszabadságát kiterjesztette a mezővárosok és a falvak lakosságára is. az erdélyi állam megerősödését mutatta, Hogy a XVII. században az erdélyi birtokosok és az állam adóztatni kezdték a Duna-Tisza közén és a Tiszántúlon a török alattvalókat. Helyenként a parasztság három felé adózott. II. Rákóczi György fejedelemsége idején Erdély helyzetét az európai események jelentősen befolyásolták. A vesztfáliai békétől (1648) a katolikus főurak a török kiűzését remélték. Ezt várták a fejedelemtől is. Tekintélyét katonai és diplomáciai sikerek növelték. 1657-ben a svédek és franciák szövetségeseként betört Lengyelo.-ba. A Porta engedje nélkül vezette az erdélyi hadakat. A svéd szövetségesek visszavonultak a kozák és román csapatok is elhagyták Rákóczit. A Porta a krimi tatárokat küldte a fejedelem hátbatámadására, akik az egész erdélyi sereget fogsába ejtették, a Székelyföldet pedig földúlták. A szászfenesi csatában a fejedelem is életét vesztette. 1660-ban Erdélyre sorozatos török-tatár támadások zúdultak.