1517. október 31-én olyan egyház- és pápaellenes mozgalom kezdődött, amellyel szemben a régi módszerek csődöt mondtak. Luther Márton Ágoston-rendi szerzetes a Wittenbergi templom kapujára függesztette 95 tételét, melyek között a leglényegesebbek a következők:
– egyedül a hit által üdvözül az ember,
– ember és Isten között nincs szükség közvetítő egyházra,
– a bűnt egyedül Isten bocsáthatja meg.
Fellépésének oka az volt, hogy az egyházi üzérkedés mérhetetlen felháborodást váltott ki németföldön. X. Leó pápa rendeletére búcsúcédulákat árultak egyházi személyek, hogy az így befolyt összeg fedezhesse a nagyszabású római építkezéseket. Luther tételeit örömmel fogadta a német parasztság, a városi polgárság, számos fejedelem és több szerzetes is. Így Luthernek nem ártott sem a pápai, sem a birodalmi átok. A császári cím névleges voltát mi sem bizonyítja jobban, mint hogy V. Károly császár parancsa ellenére “alattvalója”, Bölcs Frigyes fejedelem magához vette Luthert Wartburg várába, védelmet biztosítva neki, ahol nyugodt körülmények között dolgozhatott maradandó értékű Bibliai-fordításán. Hiába követelték a speyeri birodalmi ülésen a Rómához és a császárhoz hű fejedelmek, hogy a lutheránusok ne terjeszthessék az új hitet, a reformáció eszméit vallók protestáltak (tiltakoztak). Mivel az új hit az egyházi birtokok elfoglalásával is kecsegtetett, a fejedelmek jelentős számban álltak át a protestánsok közé, így a császár kénytelen volt kompromisszumos békét elfogadni Augsburgban, vagyis az egyes tartományok lakói fejedelmük vallását voltak kötelesek követni, de ha ezt nem akarták, szabadon elvándorolhattak. Természetesen a falusi és városi szegények egészen másként értelmezték a lutheri tanokat, sőt elfordulva tőle, azt a prédikátort követték, aki a gazdagok bírálatával, a vagyonközösség hirdetésével, az államhatalom tagadásával legfőbb vágyaikat szólaltatta meg: Münser Tamás. A nép reformáció 1524-ben több német fejedelemségben parasztháborúba torkollott, melyet a fejedelmek egyesített seregei hamar levertek és kegyetlenül megtoroltak. Svájc polgárosultabb társadalmában Zwingli és Kálvin tanai találtak kedvező fogadtatásra. E szerint Isten korlátlan ura a világmindenségnek. Az embernek még születése előtt eldöntötte sorsát, mely a halál után vár rá: pokolba vagy mennyországba kerül. Ez az eleve elrendelés tana. Ha azonban az ember szorgalmas, takarékos, kerüli a cifraságot, egyszerű, tisztalelkű, sikeres vállalkozó, biztos lehet abban, hogy Isten a mennyországba rendelte. Ezek a tanok és az “olcsó egyház”, valamint a köztársasági alapelvekre épült, presbiterekből álló egyházszervezetek megfeleltek a polgárság érdekeinek. Kálvin nem tűrt ellentmondást, a szentháromságtagadó irányzat vezetőjét, Servet Mihályt máglyán égettette meg. A reformáció hatástalannak bizonyult az orthodox világban, így ott frissítő, modernizáló hatása sem érvényesült. Európában Itália, Portugália és Spanyolország kivételével tartósan meghonosodott a reformáció valamelyik irányzata, Magyarországon szinte valamennyi, Franciaországban, a Németalföldön, Skóciában, Svájcban a kálvini, a németek lakta területeken és a skandináv országokban az ágostai vagy lutheránus irányzat terjedt el. Angliában uralkodói parancsra jött létre az ún. anglikán vallás, mely a katolikus hitelvek és rituálé szerint működött, de VIII. Henriknek a pápával történt szakítása miatt kiszakadt az egyetemes katolikus egyházból. A protestantizmusnak dinamikus terjedése ellenére sem sikerült a kontinens egyetlen országában sem a katolicizmus fölé emelkednie. A katolikus egyház hatalmas belső tartalékokkal rendelkezett, képesnek bizonyult a megújhodásra. III. Pál pápa az egyházi államban bevezette a szent inkvizíciót 1542-től, 1545-ben egyetemes zsinatot hívott össze Tridentben. A zsinat a reformátorok hatására a szolgálatot, a lelki gondozást nyilvánította a papság elsődleges feladatává. Ezért kötelezte a főpapokat, hogy egyházmegyéjükben tartózkodjanak, s folyamatosan ellenőrizzék egyházmegyéjük papjainak munkáját és erkölcseit. Elrendelték a papneveldék felállítását, s minden tekintetben megszigorították az egyháziak fegyelmét. A pápa egyházfőségének elismerését, az alapvető egyházi dogmák elfogadását továbbra is megkövetelték. Az újításoktól egyébként mereven elzárkóztak, így történhetett meg, hogy éppen azokra sújtott le a szent inkvizíció, akik az egyház hű fiaként, bízva az értelem erejében megjelentek a könyörtelen testület előtt. Giordano Brunót 1600-ban ítélte máglyahalálra az inkvizíció, Kopernikuszt felfedezése eltitkolására, Galileit tanai visszavonására kényszerítették. Gátolta a tudományok fejlődését a tiltott könyvek jegyzéke is (index). Az ellenreformáció céljai érdekében terjesztette el a jezsuita rend a barokk egyházi művészetet. A barokk templomok mozgalmas freskói, dinamikus szobrai és illuzionista térkiképzése elsősorban a latin népekre hatott, amelyek idegenkedtek a protestáns templomok puritánságától.