A Hórusz és Szebek tiszteletére emelt templom a görög-római kor egyik legépebben megmaradt emléke.
A Ptolemaioszok idején lett Kom-Ombo Dél-Egyiptom központja, stratégiai jelentőségű, mert a Nílus kanyarulata és három oldalról meredek dombok ölelik. A múlt század végén megkezdett ásatások eredményeként ma látható templom helyén III.THUTMÓZISZ temploma állt. A jelenleg látható templom i.e.181-i.sz.30-ig épült.
A templom két lényeges különbséget kivéve megegyező konstrukciójú az edfui, és egyáltalán a Ptolemaioszok által emelt templomokkal, amelyek viszont az Újbirodalmi klasszikus kánon továbbélései. Az egyik lényegi különbség, hogy egy görög akropoliszhoz hasonlóan 15 m magas dombról néz a víz felé, ami egyébként az egyiptomiak épület-elhelyezésére nem jellemző. A másik különbség, hogy udvarának, minden csarnokának a szentélynek 2-2 bejárata van egymással párhuzamosan, egyenrangúan. Ennek mindenképpen az az oka, hogy két istenhármasságnak szentelték. A baloldali rész a karvalyfejű Hórusz, Szentnofrit istennő és Khonszu, a jobboldali a krokodilfejű Szebek, Hathor istennő és fiuk, Panebtaui részére szentelt.
A pülon erősen rongálódott, a megmaradt részen DOMITIANUS (i.sz.81-96) császár áldozatot mutat be. Az udvar közepén a római kori oltár maradványai, az első hüposztil csarnokba vezető kettős kapuzat mellett XII.PTOLEMAIOSZ NEOSZ DIONÜZOSZ megtisztulása látható. A csarnok oszlopai szintén a fáraó jeleit hordják, a falakon lévő domborművek egy része azonban VIII.PTOLEMAIOSZ II.EURGETÉSZ, és VII.KLEOPÁTRA idejéből valók. A második hüposztil csarnokban áldozati jelenetek mellett megjelenik VI.PTOLEMAIOSZ PHILOMETOR neve, innen a templom belseje felé haladva már csak az ő nevével találkozhatunk. A két szentélyt kettős folyosó veszi körül amiből szertartási és kultikus helyiségek sora nyílik. A helyiségek befejezetlen faldíszítései alapján a munka egyes fázisai jól megkülönböztethetők. A templomban számos szent állatként tisztelt krokodil élt, amikor elpusztultak bebalzsamozták őket és szarkofágba temették. Több mumifikálódott krokodil ma is látható a szentélyben.
Itt is megtalálható a templom bejárata előtt a mammiszi, bár igen rossz állapotban. A mammiszi észak-nyugati külső falán érdekes vadászjelenetek láthatók. Kevésbé romos a templom túloldalán található Hathor kápolna.