A biológiai oxidáció második szakasza. A koenzim-A-molekulánál leválik a 4 szénatomos oxálecetsav és ez a felvett acetilcsoporttal 6 szénatomos citromsavvá alakul. Ez a körfolyamatban több lépésben oxidálódik, miközben újra oxálecetsav lesz belőle. A 6 szénatomos lánc két szén-dioxid egymást követő leadásával 4 szénatomosra csökken, ezzel a ciklus lezárul. A biológiai oxidáció befejező szakasza a terminális oxidáció. A NAD szállító molekulája ide szállítja az előző két szakaszban leadott hidrogéneket NAD H alakjában. A NAD H molekulájáról a hidrogének protonok és elektronok formájában kerülnek a terminális oxidáció elektron szállító rendszerébe. A rendszer első tagja a NAD H-tól átvett elektronnal redukálódik, majd a sorban következő elektronfelvevő tagnak átadja az elektront, tehát oxidálódik. Ez addig folytatódik, míg az elektron a végső elektron felvevő molekulához nem ér. Ebben a redoxi rendszerben szállított elektronok lépésenként alacsonyabb szintre kerülnek. Az így felszabaduló energia ATP szintézisre hasznosul. A végső elektron felvevő a légzésből származó oxigén.