A török kiűzése után (1686, Buda) az ország irányítása a Habsburgok kezébe került. A volt Hódoltsági területen az Újszerzeményi Bizottság (1688) döntött a birtokviszonyokról. Aki nem tudta hitelesen igazolni birtoklását, elutasították. Ha megkapta a birtokot, fizetnie kellett érte.
A végvárak katonáit elbocsátották a várakat felrobbantották. Megszüntették a hajdúk kiváltságait is.
Erdély ügyeiről Bécsben, az erdélyi Tanácsban döntöttek. A katolikus térnyerés miatt csatlakozásra (a pápa főségének elismerésére) hívták az erdélyi görögkeleti vallásúakat (1699).
A nemesség előjogait ért sérelmek, a parasztság a megnövelt adóterhek miatt neheztelt a Habsburgokra. Különösen veszélyes volt a helyzet Hegyalján, ahol az adózás mértéke és az oda vezényelt katonák száma is magasabb volt az átlagnál. A felkelés 1697-ben robbant ki, de mivel a felkelés elszigetelődött (Thököly nem tudott, a nemesség nem akart segíteni) a császáriak leverték.
1700-ban főúri szervezkedést lepleztek le. Bercsényi Miklós és II. Rákóczi Ferenc voltak a fő irányítók. Rákóczi még XIX. Lajosnak is írt a rossz állapotokról – a levél az Udvarba jutott. Elfogták és börtönbe zárták, de bécsújhelyi börtönéből Lengyelországba szökött. Lengyelországban, Brezánban érte utol a tiszaháti felkelők vezetője, Esze Tamás, aki rávette, hogy álljon a Bécs elleni felkelés élére. Brezáni kiáltványában a néphez, nemesekhez és nemtelenekhez fordult, hogy most a legalkalmasabb a pillanat a támadásra, amikor egész Európa az osztrákok ellen visel hadat. A tiszaháti felkelők még Rákóczi hazaérkezése előtt csatát vesztettek Dolhánál (1703. június). Rákóczi a vereség után ért haza és a felkelés élére állt. 1703. augusztus 28-án a vetési pátensben tehermentesítette a katonának állt jobbágyokat és családjukat. Ugyanakkor szó sem volt jobbágyfelszabadításról. Megtiltotta a nemesi birtokok megtámadását.
Rákóczi intézkedései nyomán 1703 őszére felszabadult a Tiszántúl. A győzelmek hatására a nemesség is csatlakozott Rákóczihoz. Elfoglalták a felvidéket is. 1704-ben a déli és dunántúli hadjáratok sem jártak sikerrel. 1704-ben ugyanakkor külpolitikai fordulatot is hozott: augusztusban a francia-bajor seregek vereséget szenvedtek az angol-holland erőktől Höchstädtnél. Így Ausztria több császári katonát tudott Magyarországra küldeni. A szabadságharc lényegében eldőlt, már csak az volt a kérdés, milyen feltételek mellett sikerül kiegyezni.
1704. július 8-án az erdélyi országgyűlés Gyulafehérvárott Erdély fejedelmévé választott Rákóczit. Határozatot hoztak a Gubernium eltörléséről is. Felállították az Erdélyi Consiliumot, amely a hadi és gazdasági ügyek mellett a pénzügyeket is felügyelte. A költségek fedezésére Rákóczi rézpénzt vezetett, amelyet azonban csak hatalmi eszközökkel lehetett elfogadottá tenni. Az ellátás fedezésére a külföldi kereskedőket is befolyásuk alá vonták, illetve belföldön manufaktúrákat hoztak létre.
A katonaság vezetését Rákóczi a katonailag jártasabb nemesekre bízta. Azonban ők sem értettek a hadvezetéshez és főleg a dunántúli hadjárat kudarcai után vált állandóvá a gyanakvás: a közkatonák a sikertelen manőverek miatt árulással gyanúsították a tiszteket. A katonai akciók sikere a gyorsaságon, meglepetésszerű rajtaütésen, kudarca a vezetők képzetlenségén, a rossz felszereltségen, a nehézlovasság hiányán, és a gyors mozgósítás elérhetetlenségén múlott.
1705 őszén Szécsényben az erdélyi és a magyar rendek konföderációba léptek, és vezérlő fejedelmükké választották Rákóczit. A tényleges szövetséget azonban csak később sikerült létrehozni, mert Herbeville tábornok behatolt Erdélybe, s a katonai nyomás miatt az erdélyi rendek visszavonták Rákóczi fejedelemségét. A fejedelemség Husztra menekült képviselői azonban kimondták a Habsburgoktól független Erdély csatlakozását a konföderációhoz (1706. március 8.). A különállást Bécs elutasította.
1706-ban az udvar Rabutin seregét Magyarországra rendelte. Erdély újra a felkelők kezére jutott, s Rákóczi hűségére állt.
Az 1706. októberi medgyesi országgyűlés újabb vitákat hozott: az erdélyi rendek nem voltak hajlandók lemondani adómentességükről. Rákóczi új alkotmányt sürgetett Erdélyt azonban újra császári csapatok özönlötték el. 1707. április 15-én még Marosvásárhelyt beiktatták Rákóczit, és kimondták a Habsburgoktól való elszakadást is, de ősszel már el kellett hagynia Erdélyt Rabutin támadása miatt.
A konföderáció és Lengyel- illetve Oroszország kapcsolatai szorosabbra fonódtak. Rákóczi fegyverben akarta tartani a sereget a béketárgyalásokig, ahol svéd és orosz segítségre számított. Az együttműködés előkészítésére 1711 elején Lengyelországba utazott.
1707-ben az ónodi országgyűlés kimondta a Habsburg ház trónfosztását és az ország függetlenségét. Általános, jövedelem szerinti adózást vezettek be.
A szabadságharc azonban már lehanyatlóban volt: XIX. Lajos nem küldött segítséget, a rézpénz elértéktelenedett, és 1708-ban pestis is sújtotta az országot. Az általános adózást sem sikerült betartani: a nemesek jobbágyaikra terhelték a rájuk eső részt is.
1708-ban érte a kurucokat a legnagyobb csatavesztés is: Trencsénynél. Katonák ezrei szóródtak szét.
A sárospataki országgyűlés (1708) törvényt hozott a jobbágykatonaság megtartásáról, és a mindvégig kitartó jobbágyoknak szabadságot ígért, de már elkésett, már menthetetlen volt a szabadságharc ügye.
1710-ben Rákóczi hivatalosan is bejelentette a békekötési szándékát, s az orosz kapcsolatok erősítésére 1711 elején lengyel földre utazott. Távollétében Károlyi Sándort bízta meg a vezetéssel.
Közben az udvari politika is változott Lipót halála után a trónt I. József örökölte. A magyarok elleni hadsereg élére magyar nemest, Pálffy Jánost nevezett ki. Pálffy nem a teljes megsemmisítésre törekedett: a nemesek visszakaphatták birtokaikat.
A szövetkezett rendek Rákóczi akarata ellenére megbízták Károlyit a béketárgyalások folytatására. Károlyi és Pálffy 1711. április 29-én írták alá (ekkor I. József már halott volt (április 17), de eltitkolták), s másnap a kuruc sereg a nagymajtényi síkon letette a fegyvert.
A béke helyreállította a nemesi jogokat, a birtokosok visszakapták földjüket, biztosította a vallásszabadságot, és az ország rendi különállását. Reális kompromisszum volt, aminél többet az adott helyzetben nem lehetett volna elérni. Erdély önállósága nem került szóba. Rákóczi, bár kegyelmet kapott, nem tért haza. Csalódott a francia politikában, és a török segítségben is. Reményét vesztve, Rodostóban halt meg 1735-ben.
A kuruc állam had- és külügyeit Rákóczi teljhatalommal intézte. Egyéb kérdésekben a 24 tagú szenátussal kellett egyeztetnie. A pénzügyeket a gazdasági tanács, a határozatok írásba foglalását a Kancellária intézte. Tehetséges nemesi ifjaktól szervezte a Nemesi Kozupániát, amellyel az utánpótlást kívánta biztosítani.